הרב הראשי לישראל, הראשון לציון הרב יצחק יוסף הגיב הבוקר על הטבח בבית הכנסת בהר נוף, וקרא למגן את בתי הכנסת.

בדברים שנשא הבוקר הרב יוסף בבית הכנסת בו הוא מתפלל, התייחס הרב לפיגוע הנורא בו נרצחו 4 יהודים בתפילת שחרית "הטבח הבוקר מזעזע, על פי דין  חובה על כל בית כנסת בעיר להציב מאבטח חמוש בפתחו, בתי כנסת שנמנעים מכך עוברים על איסור ״לא תשים דמים בביתך״."

הרב יוסף הוסיף גם הוראה הלכתית: "עד שלא ישתנה המצב, אסור היום להתפלל בבית כנסת שאין בו מאבטח, התורה ציוותה עלינו ״ונשמרתם מאוד לנפשותיכם״ זה קודם לכל דבר אחר",אני קורא לרשויות לסייע בכך, בכל המקומות הציבוריים האחרים מוצבים מאבטחים, אין שום סיבה שבתי הכנסת יישארו חסרי הגנה", סיים הרב יוסף.

מאוחר יותר יצאה הודעה מלשכתו של הראשון לציון כי הדברים צוטטו מפי מתפלל בבית הכנסת ולאחר בירור עולה שיש בהם אי דיוקים. בלשכה אומרים כי דבריו המדוייקים של הרב יוסף היו: "על בתי הכנסת לפעול להצבת שמירה כמו כל מקום ציבורי אחר, ומצד ונשמרתם מאוד לנפשותיכם יש להעדיף להתפלל בבתי כנסת עם שמירה״

מוקדם יותר התייחס גם הרב הראשי לישראל הרב דוד לאו לפיגוע ומסר לחדשות סרוגים: "המחזה הנורא של מתפללים מתבוססים בדמם עטורי טליתות ותפילין מזכירים לכולנו פרעות ופוגרומים שעברו בני עמנו לאורך הדורות. דם יהודי נשפך כמים בחוצות ירושלים על לא עוול בכפם. נרצחים קדושים אלו מצטרפים לאחיהם שנעקדו, נטבחו ונרצחו בארץ ובעולם על קידוש השם.", מסר הרב לאו לחדשות סרוגים.

"מנהיגי הדת המוסלמית צריכים להשמיע קול ברור וחד משמעי שמגנה רצח, קןרא לעצירת מעגל הדמים הנורא הזה בו רוצחים יהודים בבתי כנסת וברחובות העיר רק בשל היותם יהודים".