לאחר שמבקר המדינה שלח מכתב חריג לראש הממשלה ולרמטכ"ל בו הוא דורש מהשניים לשתף פעולה עם הביקורת על ה-7 באוקטובר, לשכת נתניהו הגיבה הערב (רביעי) לדברים: "משתפים פעולה באופן מלא".

בהודעה שהוציא לשכת ראש הממשלה במענה להודעת המבקר נכתב: "מכתבו של המבקר הגיע אלינו דרך התקשורת. בניגוד לנטען, משרד ראש הממשלה משתף פעולה באופן מלא עם משרד מבקר המדינה".

לדבריהם: "כל בקשה נענתה במלואה, לרבות כל שאלה בעניינו של ראש הממשלה, על אף העובדה שכל צוותי משרד ראש הממשלה עובדים סביב השעון בעניין המלחמה".

"העובדה שדובר המבקר בחר להוציא ידיעה אחרת, משוללת כל יסוד. במקום לפנות למשרד ראש הממשלה – היא התנגחות מיותרת בזמן מלחמה. משרד ראש הממשלה ימשיך לשתף פעולה באופן מלא עם משרד מבקר המדינה".

בהודעה שהוציא קודם לכן המבקר, אנגלמו פנה לנתניהו וכתב:  "העובדה שלמעלה מחצי שנה לאחר הטבח ביום 7.10 וקרוב לארבעה חודשים לאחר שהודעתי על התחלת הביקורת, צוותי העבודה במשרדי אינם זוכים למלוא שיתוף הפעולה הנדרש בקשר לעבודת משרד ראש הממשלה והקבינט המדיני-ביטחוני בכל הנוגע לאירועים ולהליכים שקדמו להם – משקפת מצב לא ראוי מבחינה ציבורית"

עוד נכתב: "אבקש אפוא את פעולתך להסרת כלל החסמים לעבודת ביקורת המדינה, ובפרט אבקשך להנחות את כלל גורמי משרדך להמציא מסמכים לצורך הביקורת ללא כל הגבלה – לרבות מסמכים רלוונטיים מהשנים שקדמו לפרוץ המלחמה. ובחלק מנושאי הביקורת – גם מסמכים מתקופת המלחמה, בהתאם לנושא הנבדק, באופן שיבטיח את ביצועה כמתחייב על פי הדין וכפי שמתבקש מהבחינה הציבורית"