סוכנויות ריגול אמריקאיות מעריכות כי ארגון הטרור חמאס וקבוצה פלסטינית נוספת הנלחמת בישראל, ככל הנראה הג'יאהד האיסלאמי, השתמשו בבית החולים שיפא בעזה, כדי לפקד על כוחות ולהחזיק כמה חטופים, אך פינו במידה רבה את המתחם ימים לפני שהכוחות הישראלים נכנסו אליו, כך דווח ברויטרס, בשם גורם רשמי אמריקאי.

הציטוט של המודיעין האמריקאי הוסר במהירות, אך הוא כלל פרטים המעידים כי מתחם בית החולים שימש הן את חמאס והן את הג'יהאד האסלאמי הפלסטיני כדי לפקד על כוחות הנלחמים נגד ישראל.

כזכור,  כוחות צה"ל פשטו על בית החולים שיפא, בית החולים המרכזי בעיר עזה המשמש כמפקדת חמאס. במתחם בית החולים הם מצאו מנהרות עם הוכחות לכך שהוחזקו שם חטופים. כמו כן, נמצא נשק רב, מסמכים ואמל"ח רב המעיד כי במקום התקיימה פעילות טרור.