פעמיים עלה הישוב כפר דרום על הקרקע. בפעם הראשונה, היה זה לפני קום המדינה, יחד עם 11 הנקודות בנגב בהם גם קיבוצי עוטף עזה.

במלחמת העצמאות ניהלו מגיני כפר דרום קרבות גבורה הירואיים והחזיקו במשך יותר מ-220 יום מול הצבא המצרי שתקף אותם. עמידתם עיכבה את המצרים באזור עזה ומנעה מהם את ההתקדמות צפונה לעבר תל אביב.

הישוב לא נפל בקרב אלא התפנה עצמאית וחבריו – לוחמי הפלמ"ח הקימו את הישוב בני דרום באזור אשדוד.

סרטון חדש שהופק ע"י מדרשת התורה והארץ בשיתוף מרכז קטיף, מספר את סיפור גבורתם של מתיישבי כפר דרום במלחמת השחרור שהצילו את מדינת ישראל.

לאחר מלחמת ששת הימים עלה כפר דרום שוב על הקרקע בסמוך למקום המקורי של הישוב, אך הוחרב בגירוש של גוש קטיף בשנת 2005.