לאחר התייעצות ביטחונית שקיים ראש הממשלה נתניהו עם שר הביטחון יואב גלנט וגורמים בצמרת הביטחונית, החליט ראש הממשלה לקצר את ביקורו בברלין ביום אחד ויחזור כבר ביום חמישי בערב לישראל.

כתוצאה מהמצב הביטחוני המתוח כתוצאה מהאירוע החריג בצומת מגידו, עליו עדיין נותר איפול מידע ואלמנטים רבים בו עוד נסתרים מהציבור, קיימו בכירי הדרג המדיני, ראש הממשלה בנימין נתניהו ושר הביטחון יואב גלנט הערכת מצב עם בכירי מערכת הביטחון.

על פי מספר דיווחים, גורמי צבא וביטחון לחצו ביממה האחרונה לקראת הערכת המצב לאשר לשחרר מידע בנוגע לאירוע לציבור ולהסיר, לפחות חלקית את האיפול עליו. אך בדרג המדיני התנגדו לכך ופעלו להשאיר את הפרשה החריגה שמסגרתה התפוצץ מטען הנפץ במגידו תחת האפלה, לפחות בשלב הזה.

בכירי מערכת הביטחון סברו כי יש לשחרר את המידע לציבור באופן מבוקר וכשהם בשליטה במידע שמשוחרר בניגוד למצב הנוכחי בו חרושת השמועות הנפוצה סביב האירוע. אף בכרי הדרג המדיני הביעו התנגדות לחשיפת האירוע בשלב הזה.

כתוצאה מהמצב הביטחוני החריג נתניהו קיצר משמעותית את ביקורו בברלין וישהה שם רק כ-24 שעות, כאשר חזרתו מתוכננת כבר למחר.

מלשכת נתניהו נמסר: "ראש הממשלה נתניהו עוקב ומעודכן בימים האחרונים בהתפתחויות הביטחוניות יחד עם צמרת הביטחון."