ב-5 בנובמבר 1992, ט' חשון תשנ"ג, התרחש אסון נורא בבסיס האימונים צאלים. האירוע אירע כשנתיים לאחר אסון צאלים שכונה לימים "אסון צאלים א'", בו נהרגו חמישה לוחמי מילואים בתאונה מבצעית.

לאחר מלחמת המפרץ, הרמטכ"ל דאז אהוד ברק הורה לסיירת מטכ"ל להיערך לביצוע התנקשות בחיי סדאם חוסיין, נשיא עיראק. המבצע כונה "שיח אטד", ובכירים במערכת הביטחון התנגדו אליו נחרצות, בשל סיכויי ההצלחה הקלושים והסיכון הגדול לחיי הלוחמים.

אהוד ברק (צילום: משה שי /פלאש 90)

על פי תכנית המבצע, כוח של סיירת מטכ"ל היה אמור לטוס לעיראק, ושם להתפצל לשני צוותים: האחד מוסווה במרחק של כמה מאות מטרים מנשיא עיראק, והצוות השני ממוקם במרחק 12 ק"מ משם, ואמון על ביצוע ירי הטילים על יעד החיסול.

לצפייה בתרגיל במסגרת ההכנות למבצע, הגיעו הרמטכ"ל, סגנו אמנון ליפקין שחק, האלוף עמירם לוין שהיה מפקד סיירת מטכ"ל לשעבר והפרויקטור האחראי על המבצע, האלוף אורי שגיא, תא"ל שמואל ארד ראש חטיבת המבצעים במטכ"ל, וקצינים נוספים.

(ראיון עם אלוף במיל' עמירם לוין עם נתנאל סמריק בתכנית "כל הכבוד" בגלי צה"ל)

בשעה 06:10, במהלך תרגול השלב ה"יבש" של התרגיל, בו אין שימוש באש חיה, הצוות האחראי על השיגור שיגר בשוגג שני טילים תמוז, לעבר קבוצת החיילים שהתאמנה בשטח ודימתה את פמלייתו של סדאם חוסיין.  כתוצאה מהשיגור המוטעה, נהרגו חמישי לוחמי היחידה: רב-טוראי ערן ויכסלבאום, סמל ראשון אריק כהן, סגן אלעד שילה, סמל שמרי שפרן וסמל שרון תמיר. שישה חיילים נוספים נפצעו.

לאחר התאונה הקשה, הודתה המדינה לראשונה באופן רשמי על קיומה של סיירת מטכ"ל. הרמטכ"ל ברק הקים את וועדת עינן- ועדה לחקר התאונה בראשות האלוף במילואים מנחם עינן. כשהסתיימה עבודת הוועדה, נפתחה חקירת מצ"ח, ושני הגופים הגיעו למסקנה כי יש להעמיד לדין ולהרשיע שני קצינים ביחידה: רס"ן ק', מפקד הכוח המתאמן, וסרן א', מפקד הצוות המשגר.

השניים הועמדו לדין בבית הדין הצבאי של מחוז מטכ"ל, בעבירות של גרימת מוות ברשלנות ושימוש בלתי זהיר בנשק. הקצינים כפרו באשמה, ובית הדין המחוזי מצא כי אכן לא נקבע תנאי רשמי המבדיל בין השלב היבש באימון המקדים, לשלב שיגור הטיל בו אמור להיעשות שימוש באש חיה.

בשלב הטיעונים לעונש, חלק מהמשפחות השכולות ביקשו שלא להטיל עונש מאסר על הקצינים. בסופו של דבר, הוטל על כל אחד מהקצינים עונש של הורדה בדרגה ומאסר על תנאי. חלק ממשפחות הרוגי האסון סברו יש יש לשלול מן הקצינים את כל דרגות הקצונה, ועתרו על כך לבג"ץ, אך עתירתם נדחתה.

אסון צאלים עורר הדים רבים בארץ ובעולם, בין השאר בשל מטרת המבצע המקורית- התנקשות בחיי נשיא עיראק. ב-1995, לקראת כניסתו של ברק לפוליטיקה, פורסם תחקיר ידיעות אחרונות ובו הרמטכ"ל לשעבר הואשם כי לא נשאר בשטח אחרי התאונה, ולא הגיש עזרה לפצועים. ברק הפריך את הטענות והציג את גרסתו לאירועים, וטען כי עיתוי הפרסום של התחקיר הוא פוליטי. ב-1997, מבקר המדינה דחה את ההאשמות נגד ברק ואישש את גרסתו.

ב-1999, נמרוד לומר, מי שהפעיל את אחד הטילים שנורו, נהרג בתאונת פגע וברח. לודמר לא נפגע באסון, אך סבל במשך שנים מהלם קרב שלא הרפה ממנו. הוא לא הואשם באחריות לאסון, וכונה "ההרוג השישי של אסון צאלים".