על פי החשיפה של "כלכליסט", הבוקר (ראשון), משטרת ישראל חדרה באמצעות תוכנת פגסוס של NSO לטלפוניים הניידים של לפחות שלושה ראשי ערים.

על פי הפרסום, השימוש בכך החל בתקופתו של מפכ"ל המשטרה הקודם רוני אלשייך, הדבר נעשה ללא צו בית משפט, צוי חיפוש או האזנה טוענים בכלכליסט. החשד כלפי ראשי ערים נערך לאחר  מכרז גדול שנערך בעיר מסויימת, פרויקטים גדולים באותה עיר, ידיעה בעיתון, או אדם שמסר עדות אפילו ללא הוכחה. בדיווח מציינים שאפילו על פי תחושת בטן.

חצי שנה לאחר כניסתו של אלשייך לתפקידו הוא אמר לסגל המשטרה הבכיר כי "בהחלט יש ראשי רשויות מושחתים, אבל לא כולם מושחתים. יש כאלה שמבצעים את העבירות מחוסר ידיעה". זה כנראה הרקע לשימוש בתוכנה.

ממשטרת ישראל נמסר כי היא "פועלת אך ורק על פי חוק. כל פעולותיה בהקשר של האזנות סתר מתבצעות רק באמצעות צווים שהוצאו כדין בחתימת שופט. ככל שיש בידיכם חומרים שיש בהם להצביע על ביצוע עבירה שלכאורה נעשתה נבקש כי תעבירו במהירות האפשרית לרשויות".

ביום שישי האחרון, מפכ"ל המשטרה קובי שבתאי שלח אגרת לשוטרים והקצינים, בה התייחס לסערה סביב הדיווחים על השימוש לכאורה של המשטרה בתכנת ריגול של חברת NSO כדי לעקוב אחרי אזרחים ישראלים. בדבריו גיבה את אגף החקירות וחוקרי הסייבר של המשטרה, והבהיר כי "השימוש שלנו בכלים טכנולוגיים על פי דין יימשך".

"בימים האחרונים משטרת ישראל ואחד המערכים החשובים ביותר שלה נמצאים תחת התקפה, ונראה שיש מי שמבקש לפגוע ביכולותיה להיאבק בפשיעה החמורה" כתב שבתאי. "בפתח דבריי אני רוצה להרגיע אתכם ולומר שהשימוש שלנו בכלים טכנולוגיים על פי דין יימשך, ומטרתנו היא אף להמשיך לפתח ולשדרג את הכלים הללו. משטרה שמבקשת להיות רלוונטית במאבקה בפשיעה חייבת לנהוג כך".