כמה חודשים אחרי שהתפוצצה פרשת הרב מרדכי אלון, נחשף הערב כי המשטרה והיועץ המשפטי לממשלה החליטו לפתוח בחקירה פלילית בעניינו.

בערוץ 10 פורסם הערב כי הבדיקה העלתה חשד לפלילים. לפי הדיווח, בידי המשטרה עדויות חדשות שלא הגיע לידי חברי "פורום תקנה", שחשף את הפרשה.

באתר ynet פורסם כי הרב מרדכי אלון נחקר לפחות פעם אחת במטה יאח"ה.

פרקליטו של הרב, עו"ד יאיר גולן, הגיב ואמר: "הרב אלון לא ביצע כל עבירה".

לפני כמה חודשים פרסם "פורום תקנה" אזהרה מפניו של הרב אלון. הרב אלון אמנם פרש מכל פעילות חינוכית כבר לפני שלוש שנים אך לדעת הפורום הרב המשיך לקיים שיעורים והרצאות חינוכיות, ולכן הם נאלצו לחשוף לציבור שיש כנגד הרב מוטי אלון תלונות על הטרדה.

הרב מרדכי אלון נחשב לאחד מבכירי הרבנים בציונות הדתית. שיחותיו והרצאותיו פופולאריות וזוכות לקהל רב מכל הגילים. הרב אלון כיהן כראש ישיבת חורב וכראש ישיבת הכותל. במשך מספר שנים הוא עמד בראש התנועה התורנית חברתית מבראשית ואף היה חבר המועצה להשכלה גבוהה.