בג"ץ דחה הערב (שני) את העתירות שהוגשו נגד ההפרדה המגדרית במוסדות הלימוד החרדים, אך פסל חלקית את מסלולי ההפרדה הנהוגים כיום באקדמיות. בפסיקה נאמר כי ניתן לייצר מתווה ללימוד חרדים באקדמיה, הכולל גם מסלולי לימוד נפרדים – אך אין למנוע ממרצות ללמד במסלולים המיוחדים הללו.

בפסק הדין כל שופטי ההרכב קבעו כי בהדרתן של מרצות מללמד במסלולי הלימוד לגברים יש משום פגיעה בכבודן ויש לאפשר להן ללמד בכל מסגרת שהיא, ללא הפליה. עם זאת, באשר להפרדה מגדרית של סטודנטים במסגרות החרדיות, נחלקו הדעות. בעוד שחלק טענו כי מדובר בפגיעה בזכות השוייון ותמכו בפסילת תכנית החומש, אחרים סברו כי יש לאפשר את המשך קיומם של המסלולים הנפרדים לבני ובנות החברה החרדית.

הפסיקה התקבלה בעקבות שורה של עתירות בנושא, שאוחדו לפני שנה לדיון אחד בהרכב מורחב. לטענת העותרים נגד ההפרדה, "כעשרים מוסדות להשכלה גבוהה, ורבים מהם בתקצובה של מדינת ישראל, מקיימים כיום מערך לימודי ענף המיועד לאוכלוסייה החרדית, שבו מתקיימת הפרדה בין סטודנטים לסטודנטיות. בנוסף, במרבית המוסדות האמורים מרצות נשים לא מורשות ללמד סטודנטים גברים". 

מנגד, בפורום קוהלת עתרו לבג"צ בדרישה לאפשר לכל מי שרוצה ללמוד בהפרדה – גם אם לא מדובר בחרדים. לטענתם, "אנו סבורים שאסור למל"ג למנוע ממוסדות לקבל סטודנטים על רקע חברתי ודתי, ולא בסמכותו להחליט עבור מוסדות מי 'חרדי' ומי איננו. על המל"ג להתמקד בתפקידו לפי חוק – לפקח על הרמה האקדמית של המוסדות והתארים. מסלולים בהפרדה אינם מהווים אפליה, משום שהם לא כופים דבר על איש, ומציעים תנאים שווים לנשים ולגברים. המחוקק בישראל קבע במפורש בחוק זכויות הסטודנט כי הפרדה מטעמי דת לא תחשב הפליה בהשכלה גבוהה".