הרב עידו פכטר, רב קהילת 'ישראל הצעיר' בנתניה, מגיב לדבריו של הרב עמיחי אליהו שמתח בקורת על ההסתכלות על היהדות בעיניים אקדמיות ואומר לדעתו זו הדרך שאמורה לאפיין את הציונות הדתית.

בעמוד הפייסבוק שלו כתב הרב פכטר: "התעוררתי הבוקר לעוד מתקפה עליי ועל דבריי ברשימה האחרונה בעלון 'שבתון' מפי הרב עמיחי אליהו. והאמת, שאני כבר די רואה כחסר ערך להגיב למתקפה המלגלגת. אבל כן אגיב לסיום דבריו, המכוונים למתודה המשלבת חשיבה אקדמית בלימוד התורה".

לאחר מכון הרב פכטר מצטט את הרב אליהו וכותב: "הגישה המתחכמת הזו לא רק שאינה מועילה אלא פוגעת בציונות הדתית כמגזר שמחפש לחבר בין רוח חכמי ישראל למציאות חיינו. שרואה בערכי היהדות אור ודרך חיים".

לדברי הרב פכטר: "כנראה שזה שורש המחלוקת. יש שחושבים שהדרך לחבר את רוח חכמי ישראל למציאות חיינו הוא להילחם באקדמיה, באינטלקט ובמדע, ולעורר רגשות שלעתים אין להם שום בסיס באמת ההיסטורית ובעולם הריאלי (מופתים שאינם מופתים, סיפורים שלא באמת קרו, הלכות שאין להן מקור מוצק). אני סבור ההיפך. שכדי לחבר את רוח חכמי ישראל למציאות חיינו איננו אמורים להתכחש למדע ולחכמה (במובנם הרחב), ואין שום גורם ידע בעולם שעלינו לזנוח. אדרבה, דווקא מתוך הרחבת הדעת תתעלה התורה ויבנה ארמון התורה מעל להכל".

הרב פכטר מנסה להסביא את התנגדותו של הרב אליהו בדרך אחרת: "אולי יש כאן בכלל עניין פסיכולוגי עמוק מכך. כנראה שיש כאלה, שהדבקות בתורה גורמת להם לפתח אופי לוחמני, שעסוק כל הזמן בלשלול – פעם זה הנוצרים, ופעם הרפורמים ופעם הערבים, פעם האקדמיה ופעם רבנים אחרים. עבורי, האמונה באלוהים, בורא הטבע ונותן התורה, מקור התבונה ומקור הרגש, קוראת לנו לדרך אחרת – לא להזניח אף מקור אור שקיים במציאות, ולהשתדל לחבר כל אחד מהם לארמון מפואר אחד. סבורני, שזהו האופי שאמור לאפיין את בני הציונות הדתית".