אחרי שמאז אמש (שני) הכריז הרב רפי פרץ מעל כל במה כי הוא יהיה שר החינוך של כל תלמידי ישראל, היום הוא התבקש להציג את עמדתו לגבי מספר סוגיות העומדות על הפרק במסגרת משרדו; מחאת המכנסיים, גיוס בנות לצה"ל ושכר הלימוד הגבוה.

בראיון לאולפן ynet, התייחס יו"ר הבית היהודי למחאת המכנסיים- מחאה שקמה בטענה לחוסר השוויון הקיים בחלק מהמוסדות החינוכיים בין בנים לבנות, כשהאחרונות נאלצות לעמוד במגבלות אורך מכנסיים שאינן חלות על בנים, ואמר כי הוא "לא נכנס לסוגיות כאלה". לאחר שנדחק מעט על ידי המראיין, השיב הרב פרץ לשאלה ואמר: "שכל מנהל יקבל את ההחלטות בבית הספר שלו ואני אכבד אותן".

בנוסף, הרב פרץ התייחס גם לדיווח לפיו הוא סירב להעביר הרצאה לבנות לקראת גיוס לצה"ל- דיווח שהופרך בכתבה בסרוגים- ואמר כי מדובר בשקר: "זה ממש לא נכון שסירבתי", אמר הרב פרץ, וסיפר כי "הייתי באירוע משפחתי ביום שבת ולא יכולתי להגיע. דיברתי למחרת עם המדרשות ואמרתי שאני מוכן לבוא בשמחה, אם יתאמו את זה אגיע בחפץ לב".

הרב פרץ ציין כי במהלך שירותו הצבאי הממושך הוא דווקא דאג לרווחת החיילות: "מיניתי קצינה לתפקיד הזה, אמרתי לבנות שהן בבת עיני". עם זאת, כשנשאל האם הוא תומך בגיוס בנות לצבא ענה: "זו סוגיה הלכתית".