אחרי שמונה שנים בתפקידו, עו"ד שי ניצן עוזב את תפקידו בפרקליטות המדינה.

בעוד שלושה חודשים תסתיים תקופת הכהונה של ניצן כמשנה לפרקליט המדינה לתפקידים מיוחדים.

ניצן כבר הגיש את מועמדתו לתפקיד פרקליט מחוז ירושלים, ואם יתמנה יחליף בתפקידו את עו"ד אלי אברבנאל, שמסיים תקופת כהונה דומה. אברבנאל מצידו, הגיש גם הוא מועמדות לתפקיד משנה לפרקליט המדינה, ולא מן הנמנע שהשניים יחליפו את תפקידהם.

בהתיישבות ביו"ש בודאי ישמחו על סיום כהונתו של ניצן, שנחשב עוין למתנחלים ולהתנחלויות. בזמן כהונתו, נקבעו תקדימים נגד רבנים, לאחר שהורה לפתוח בחקירה נגד הרב דב ליאור והרב יעקב יוסף, על הסכמותיהם לספר "תורת המלך".

לאחר שסרבו שני הרבנים להחקר, הורה לעצור אותם לחקירה, כשהרב ליאור, נעצר במחסום בכביש המנהרות ונלקח לחקירה בצורה מבישה.

עוד מהחלטותיו: הוצאת צווים מנהלים המרחיקים פעילי ימין מביתם ביהודה ושומרון, כשהוא מפעיל תקנות מזמן המנדט הבריטי, סגירת ישיבת עוד יוסף חי ביצהר, מתן הכשר להריסת בתים במאחזים ועוד.

בקיץ האחרון, נועדו רבנים מהציונות הדתית לפגישת פיוס עם ניצן, לאחר שורה של הפגנות מול ביתו, מצד פעילי ימין, אך הביקורת עליו, מצד גורמים בימין ובהתיישבות לא רפתה, כששורה של דוברים האשימה אותו בהסתה ובהבערת השטח.