מספר שעות לאחר שבצה"ל החלו לתחקר את התנהלות החיילים בזירת פיגוע הדריסה בירושלים, מהתחקיר עולה, כי בניגוד לטענות לפיהן חיילים ברחו במקום לחתור למגע, לאחר הדריסה פתחו כמה צוערים באש לעבר המחבל. על פי התחקיר, בשלב הזה אחת ממפקדות הצוות שהייתה בזירת הפיגוע הורתה לכלל הצוערים לתפוס מחסה ולהתרחק מהזירה.

בדיקת צה"ל החלה לאחר שבתיעוד הפיגוע שהופץ מתוך מצלמות האבטחה, נראו הצוערים נמלטים מיד לאחר שהמשאית פגעה בקבוצת החיילים שהתאספה בזירה. הימלטות זו ספגה ביקורת ציבורית במיוחד לאחר שאיתן, מורה דרך שירה במחבל, טען כי ייתכן שההשתהות בנטרול המחבל נבעה מהרשעת החייל אלאור אזריה.

אל"מ אלאלוף, שהגיע לזירת הפיגוע בטיילת ארמון הנציב, תחקר את החיילים והקצינים על נסיבות האירוע. מהתחקיר עלה כי לפחות שני צוערים ירו מטווח קצר לעבר המחבל לאחר פיגוע הדריסה. מדובר צה"ל נמסר כי כמקובל בצה"ל, האירוע יתוחקר לעומקו.

[[[http://www.srugim.co.il/wp-content/uploads/2017/01/פיגוע-ארמון-הנציב.mp4]]]

(צילום: מצלמת האבטחה)

בתוך כך, מהמשטרה נמסר הבוקר כי הפעילות המבצעית המוגברת של המשטרה נמשכת וכוחות פעלו במהלך כל הלילה במזרח ירושלים בכלל ובכפר ג'בל מוכבר ממנו הגיע המחבל הדורס.

במסגרת חקירת הפיגוע עצרה המשטרה לחקירה 9 חשודים בהם 5 בני משפחתו של המחבל.

במקביל ובכפוף להערכת מצב מבצעית שבוצעה גם לאור אירועי הפרות סדר שבוצעו במהלך הלילה בכפר בהם ירי זיקוקין בכינון ישיר לעבר כוח משטרה ומג"ב המוצב בסמוך לרחוב מאיר נקר, נחסם הציר לתנועת כלי רכב והתנועה מוסתת ליציאות האחרות מהכפר.