בעקבות הטבח באיתמר, אבל קשה פקד את מוסדות מכון מאיר בירושלים. היישוב איתמר הוקם על ידי גרעין של תלמידי המכון וכן הרב יהודה בן ישי- אביו של רותי פוגל הי"ד שנרצחה השבת, הינו אחד מעמודי התווך של הישיבה. קשר הדוק בין הישיבה ליישוב בכלל ולמשפחות פוגל ובן ישי בפרט מתקיים למעלה מ-30 שנה. כמו כן, הרב יהודה בן ישי עומד בראש מכון אורה לבנות וכרב ומחנך במכון מאיר והרב אודי פוגל הי"ד חתנו גם כן למד במכון.

היום, מסר הרב דב ביגון, ראש מכון מאיר כי "רצח זה נעשה על ידי חיות ופרעי אדם שמטרתם לנשל אותנו מעל ארצנו ולהשמידנו כשם שהמן הרשע ביקש להשמיד את כל היהודים. ונהפוך הוא: "כי לא ינטוש ה' עמו ונחלתו לא יעזוב".

הרב ביגון הסביר כי שמע רבות על אצילות הנפש והמסירות של הרב אודי ורותי פוגל הי"ד. בנו של הרב ביגון, רענן ביגון היה החברותא של הרב אודי פוגל בנצרים ועבר יחד איתו מגוש קטיף ליישוב אריאל. "הרב אודי ורותי פוגל היו אנשים אידיאליסטיים, תמיד חיפשו איך לתרום לעם ולא נשברו גם לאחר הגירוש מנצרים".

עוד הוסיף הרב: "מזועזעים כואבים ובוכים אנחנו, יחד עם כל בית ישראל את השבר הנורא על הרצח המתועב והאכזרי של הרב אודי רותי ושלושת ילדיהם ה' ינקום דמם".

היום במסגרת שידורי ערוץ מאיר, יוקדשו שיעורי התורה לזכר חמשת הקדושים שנרצחו בטבח באיתמר.