יצחק הרצוג הוא הפוליטקאי השני עליו נפתחה חקירה בחשד לשחיתות.

כתב ערוץ 2 עמית סגל צייץ הערב (ד') "פרסום ראשון: יצחק הרצוג הוא הפוליטיקאי השני שנבדק על ידי רשויות החוק".

הביטוי "הפוליטיקאי השני" נוצר בעקבות החשיפה אתמול לפיה נפתחה בדיקה בעניינו של יו"ר ש"ס שר הפנים אריה דרעי. אתמול עוד נאסר שמו של דרעי בפרסום, ורק הבוקר הוא ויתר על החסיון בגינו. באותו זמן התפרסם כי ישנו פוליטיקאי בכיר נוסף בעניינו נפתחה חקירה.

הרצוג הגיב על הפרסום: מברך על בדיקת היועץ המשפטי לממשלה. מדובר בהכפשות פוליטיות שהליכוד ופעילים מתוסכלים ניסו להפיץ טרם הבחירות והוכחשו כבר אז. אני בטוח שהבדיקה תפריך את הטענות ההזויות הללו אחת ולתמיד. אשתף פעולה באופן מלא עם כל שאתבקש על מנת שהנושא יתברר בהקדם

מלשכת היועץ המשפטי לממשלה נמסר: "אנו מאשרים שבאישור היועץ המשפטי לממשלה נפתחה בדיקה בעניינים הקשורים להתנהלותו של יו״ר האופוזיציה בפריימריז האחרונים במפלגת העבודה. בשלב זה לא הורה היועץ המשפטי לממשלה לפתוח בחקירה נגד יו״ר האופוזיציה."

שנת 2000 בעת שהיה מזכיר הממשלה של אהוד ברק, נחקר הרצוג תחת אזהרה במסגרת מה שכונה "פרשת העמותות". הוא נחשד בעבירות על חוק מימון המפלגות, בכך שגייס כסף למסע הבחירות של מפלגת "ישראל אחת" (שתחתיה רצה אז מפלגת העבודה) ב-1999 באמצעות עמותות. הרצוג שמר על זכות השתיקה. המשטרה המליצה להגיש נגדו כתב אישום, אולם היועץ המשפטי לממשלה דאז אליקים רובינשטיין סגר את התיק בנימוק של חוסר בראיות מספיקות.