הרב אליעזר מלמד ראש ישיבת הר ברכה סבור כי הבעיה המרכזית בגיור בתוך הצבא היא שלרב הצבאי הראשי אין סמכות מוחלטת.

"כעיקרון, הרעיון לאפשר גיור בצבא הוא נכון מאוד",הכותב הרב מלמד במדור רביבים. "אלא שהבעיה היא במקור סמכותו של הרב הצבאי הראשי. תנאי ראשון לסמכותו של רב – שיהיה עצמאי, ופסקיו ההלכתיים יינתנו לפי העניין בלבד, ולא על פי לחצים ושיקולים זרים. כאשר הרב הצבאי נבחר על ידי אישים חילוניים כמו שר הביטחון והרמטכ"ל, וביום שיחליט לפעול בניגוד לשיקול דעתם יפטרו אותו, סמכותו מוטלת בספק."

"אמנם כל רב ושופט חי בתוך עמו ומושפע מהלכי הרוח והלחצים הציבוריים, אבל אינו תלוי בהם באופן מוחלט. אך כאשר קרוב לוודאי שהרבצ"ר ייזרק מהצבא אם יעז לפסוק בניגוד לדעת המפקדים החילוניים שמעליו, סמכותו מוטלת בספק."

הפתרון, אומר ראש ישיבת הר ברכה, הוא בשינוי שיטת בחירת הרבצ"ר. "הדרך לתיקון היא בשינוי השיטה שעל פיה בוחרים רב צבאי. ובינתיים, רק לאחר שיעמוד על הפרק דיון, שבו עמדת הרב הצבאי תהיה בניגוד לעמדת שר הביטחון והרמטכ"ל, ולמרות הלחצים לא ישנה את דעתו ועדיין יישאר בתפקידו, נדע שהוא אכן פוסק באופן עצמאי. בלא זאת סמכותו כפוסק מוטלת בספק. עדיין יש לו תפקיד חשוב מאוד, כמנהל ענייני הדת בצבא, אבל לא כפוסק."