הרמטכ"ל, רב אלוף גדי אייזנקוט, החליט לנזוף ברב הראשי לצה"ל, הרב רפי פרץ, ובמקביל נזף אגף המודיעין ב-א' ראש מחלקת ביטחון מידע בצה"ל שבתפקידו הקודם כיהן כראש מטה הרבנות.

על פי הדיווח בחדשות 2, אייזנקוט נזף ברב רפי פרץ לאחר שהאחרון החליט לשלם ל-א', שכאמור שימש כראש המטה שלו, משכורת גבוהה מזו שהוא היה צריך לקבל.

על פי הדיווח, א' קיבל משכורת של רב פיקודי, משכורת הזהה לזו של רב עיר, וזאת למרות ש-א' אינו משמש כרב פיקודי.

ראוי לציין כי א' אמנם הוכשר והוסמך בדרגה כרב פיקוד אבל מכיוון שהוא לא משמש כזה בפועל – הוא אינו זכרי לקבל שכר של רב פיקוד. כתוצאה מכך, ייאלץ ראש המטה של הרב הצבאי הראשי להחזיר למדינה כמה עשרות אלפי שקלים.

בחודשים הקרובים צפויים הרב רפי פרץ ו-א' לסיים את תפקידיהם בצה"ל ללא קשר לפרשה. בעקבות פניית חדשות 2, החלה הבדיקה בעניינו של הרב הראשי. הרמטכ"ל מינה את ראש אג"ת לשעבר, אלוף במיל' נמרוד שפר, לבחון את הנושא.

עו"ד אילן בומבך, המייצג את הרב הצבאי הראשי מסר בתגובה לחדשות 2 כי "הרב הצבאי אינו אחראי למחדל. גם התביעה לא טענה זאת. אל"מ א׳ קיבל את ההסמכה כרב עיר ממועצת הרבנות הראשית שהיא הגוף הבלעדי שמוסמך ליתן הסמכה כזו. הרב הצבאי בסך הכל תיאר את המציאות כהוויתה שהוא משמש כסגנו לכל דבר. לא מדובר בשום חשש לפגיעה בטוהר המידות. בניגוד לאל"מ א' שאולץ לפרוש מיד, מתכוון הרב הצבאי לפרוש בקיץ ללא כל קשר לכך".