לוחמי צה"ל פעלו במהלך הלילה בכפר בורקין שנמצא בצפון השומרון ועל פי דיווחים ערבים, חיסלו במהלך הפעילות שניים מהמחבלים שביצעו את הפיגוע בפונדוק לפני כשבועיים.
על פי הדיווחים ברשתות הערביות, צה"ל כיתר במשך שעות בית בו התבצרו המחבלים החמושים. הלוחמים הפעילו נוהל 'סיר לחץ' על הבית במשך כ-4 שעות. לאחר חילופי אש שכללו גם ירי של טילי מטאדור לתוך הבית, הצליחו הכוחות לחסל את שני המחבלים ולעצור מחבל נוסף שהיה מעורב בפיגוע.
ברשתות הערביות דיווחו כי 2 המחבלים שחוסלו הם- הקוטאיבה אל-שלאבי מבכירי מחבלי חמאס בעיירה קבאטיה דרומית לג'נין, ומוחמד אבו אל-אסעד נזאל ממפקדי "גדוד קבאטיה" של הג'יהאד האסלאמי. כאמור על פי הדיווחים הם היו אלה שביצעו את הפיגוע בו נרצחו שלושה ישראלים בפונדוק.