לאחר מכתבה של היועצת המשפטית של הממשלה על קבלת החלטות בתהליכים משובשים, תוך שימוש במכתב חסוי ששלח מזכיר הממשלה בעניין ביטחוני.

בעקבות כך, הגיב יוסי פוקס מזכיר הממשלה: "אני רואה בחומרה את העובדה שהיועצת המשפטית לממשלה נותנת פומביות במכתבה למכתב סודי ביותר ששלח מזכיר הממשלה, שהינו גם מזכיר הקבינט המדיני-ביטחוני, לראש המל"ל עם העתק למזכיר הצבאי וליועצת."

לדברי פוקס: "בניגוד מוחלט לטענת היועצת, מכתבו של מזכיר הממשלה נשלח במסגרת סמכותו כמזכיר הקבינט המדיני-ביטחוני, אינו מהווה חוות דעת משפטית ואין לתוכנו השלכות כלשהן בתחום הביטחוני. לא בכדי, אף גורם ביטחוני לא העיר הערה כלשהי על תוכן המכתב."

"הניסיון לייחס "השלכות כבדות משקל בתחום הביטחוני" במכתב פומבי שהפיצה היועצת לתקשורת – למכתב שעסק אך ורק בעניינים מנהליים מקצועיים – מעוות את העובדות, פוגע בעבודת הקבינט ובאמון הציבור."

במכתב אותו שלחה לראש הממשלה כתבה היועצת המשפטית לגבי הליכי עבודה משובשים של הממשלה: "דוגמה חמורה נוספת היא מכתב של מזכיר הממשלה מה-31 ביולי, שבו נתן חוות דעת משפטית בעלת השלכות כבדות משקל בתחום הביטחוני. חוות דעת זו ניתנה בחריגה מסמכות, ולא ארחיב לגבי תוכנה".