עוד שפל ביחסים בין ראש הממשלה והרמטכ"ל. על פי הדיווח של הכתב המדיני ירון אברהם בחדשות 12, הרמטכ"ל אייל זמיר וראש הממשלה הגיעו לשפל חסר תקדים ביחסים, לאחר שהרמטכ"ל סירב לבצע פעולה צבאית עליה הורה ראש הממשלה, דרש 'אסמכתאות חוקיות' ופרסם תדרוכים כנגד הממשלה.
הדיווחים בנושא טוענים כי פגישת הערכה מצב ביטחונית שהתקיימה בנוכחות נתניהו והשתתפות הצמרת המדינית-ביטחונית הידרדרה לטונים קשים והפכה לעכורה ואישית, זאת לאחר שראש הממשלה והדרג המדיני הורו על ביצוע פעולה מסוימת. אשר על פי הפרסומים הייתה יכולה להוביל להסלמה מול איראן.
הרמטכ"ל זמיר סירב להוציא לפועל את הפעולה ועיכב אותה עם דרישות לדיונים מעמיקים ואף דרש 'אסמכתאות חוקיות' מטעם הדרג המדיני. בדיווח על ערוץ 12 צוטט מטעם 'גורם ביטחוני' כי חלקו של זמיר באי הוצאת הפעולה לפועל היה קריטי.
הצבעתי לליכוד שנים והאמנתי לו! נתניהו הבטיח למוטט את איראן והביא אותנו לשפל, בושה וחרפה