שלושה ימים אחרי שהקמתה אושרה בישיבת הממשלה, הוגשה עתירה לבג"ץ נגד ועדת הבדיקה הממשלתית לסוגיית השימוש המשטרתי ברוגלות – ועדת פגסוס.
את העתירה הגישו ארגון "מאבק הגלימות" יחד עם שני בכירי מערכת הביטחון לשעבר – נדב ארגמן (ראש השב"כ לשעבר) ואמיר אשל (שכיהן כמפקד חיל האוויר ומנכ"ל משרד הביטחון) – ואלו טוענים כי הוועדה הוקמה בניגוד עניינים כדי להשפיע בין היתר על תיקי נתניהו.
בעתירה נכתב כי "החלטת הממשלה התקבלה תוך חריגה מסמכות, ממניעים זרים, לקידום מטרות פסולות, בניגוד עניינים, תוך אי-שקילת שיקולי פגיעה בביטחון המדינה, בהתעלמות מוחלטת מעמדת גורמי הביטחון הרלבנטיים ובניגוד לעמדת היועצת המשפטית לממשלה גלי בהרב-מיארה".
הממשלה אישרה: תוקם ועדת בדיקה לפרשת פגסוס
עוד טוענים העותרים כי החלטות שר המשפטים יריב לוין ושאר שרי הממשלה התקבלו תוך התעלמות מההמלצות של גורמי הביטחון, ובהם המועצה לביטחון לאומי (המל"ל) ושירות הביטחון הכללי (שב"כ), שטוענים כי עבודת הוועדה עלולה לפגוע בביטחון המדינה, ולחשוף דרכי פעולה של מערכות הביטחון.
ברור שהם לא רוצים את גילוי האמת... מה הפלא שהאנשים האלה שחייבים לחקור אותם יעשו ה כ ל כדי שלא יחקרו ולא יבואו לחקר האמת...