שר החינוך, יואב גלנט הודיע על זכייתו של פרופ' בן-עמי שילוני בפרס ישראל בתחום חקר מדעי המזרח הרחוק לשנת תשפ"א. גלנט קיבל את המלצתה של ועדת הפרס בראשותו של פרופ' ניסים אוטמזגין, ובהשתתפותם של החברים: פרופ' מרק גמזה ופרופ' מיכל דליות בול.

בנימוקיה ציינה הוועדה כי "פרס ישראל בחקר מדעי המזרח הרחוק, מוענק לפרופסור בן-עמי שילוני מהחוג ללימודי אסיה באוניברסיטה העברית בירושלים, על תרומתו הייחודית לייסוד ופיתוח לימודי יפן במדינת ישראל. פרופ' שילוני פעל רבות להעלאת המודעות ליפן ולמזרח הרחוק בציבוריות ובתקשורת הישראלית. הוא העמיד דורות של תלמידים, שרבים מהם השתלבו באקדמיה, בסקטור הציבורי ובסקטור הפרטי בישראל ובעולם".

עוד ציינה הוועדה כי "פרסומיו הרבים ותרומתו לחקר ההיסטוריה המודרנית של יפן, ובפרט מחקריו על תרבות ופוליטיקה ביפן לפני ובזמן מלחמת העולם השנייה, מוסד הקיסרות של יפן, והשוואה תרבותית בין היפנים והיהודים, נחשבים לפורצי דרך בתחומם".

בנוסף הדגישה הוועדה כי "בשנת 2000 העניק לו קיסר יפן את עיטור ההצטיינות הגבוה כוכב הזהב והכסף. בשנת 2010 הוא זכה בפרס "קרן יפן" לקידום התרבות היפנית בעולם. זו הייתה הפעם הראשונה מאז ייסודו של הפרס שחוקר ישראלי זכה בו. לרגל הזכייה בפרס הוא התקבל על ידי הקיסר והקיסרית בארמונם בטוקיו".