הוא מתנגד לסגר מלא והוביל קו תקיף נגד ההגבלות על ההפגנות,  אולם שר המדע והטכנולוגיה, יזהר שי, חזר בו מהודעתו על התפטרותו מהממשלה. גנץ ושי שוחחו על אירועי הימים האחרונים והגיעו להסכמות על המשך פועלו של השר שי כציר מרכזי בכחול לבן.

בשיחה שהתקיימה ביום רביעי בלילה בין יו"ר כחול לבן גני גנץ לשי, היא ביקש ממנו להמתין עם ההחלטה עד לשובו לארץ מהביקור בוושינגטון , לפני שיכריע בנושא. השניים קיימו כאמור את הפגישה ביניהם ולאחריה התקבלה ההחלטה.

השניים הסכימו להגדיר את המלחמה במגיפת הקורונה כיעד ראשון במעלה אותו ימשיך להוביל מקצועית השר יזהר שי בתוך המפלגה וכחבר קבינט הקורונה. שר הביטחון הדגיש את הערכתו הרבה לשי בעשייה למען אזרחי ישראל ובריאותם במסגרת קבינט הקורונה ובהנהגת משרד המדע והטכנולוגיה כשר בממשלה.

בסיום הפגישה אמר השר שי: ״אני מביע אמון מוחלט במנהיגותו ובהובלתו של בני גנץ. הצטרפתי למפלגה כדי לממש ביחד עם יו"ר כחול לבן ערכים משותפים ובראשם אהבת ישראל, אחדות ופיוס לאומי. נמשיך לעבוד יחד למען כלל אזרחי מדינת ישראל".

בזבזנו אין סוף זמן, נסחפנו להתווכח

שי הוביל את קו התנגדות לסגר המלא ולהגבלות על ההפגנות, הוא עזב את ישיבת הממשלה במחאה לאחר שההצעה לסגר מלא התקבלה בצוות שרים מצומצם, וללא ידיעתו. "ביומיים של דיונים ארוכים בקבינט הקורונה בזבזנו כאן כולנו, כל מי שהיו שם, אין סוף זמן על מה שמפלג בינינו ולא על מה שמאחד", טען שי במכתב ששיגר לשרים. "נסחפנו להתווכח ויכוח עקר, מפלג ומיותר על ההפגנות במקום לדבר על מתווה בטיחותי לתפילות, במקום לדבר פרטי פרטים על הכלכלה ועל הקשישים ועל כל מה שצריך באמת".

הוא התנגד להגבלות על ההפגנות: "אחרי שהחלטנו אמש להעביר את הנושא לצוות מקצועי, לא פוליטיקאים, היום אפילו לא קיימנו דיון במתווה שביקשנו מהם להביא בפנינו. אז הנה אני הולך איתך, הרב דרעי, בדיוק בדרך שבה אתה מתווה כאן עם ראש הממשלה ועם מנהיגי הסיעה שלי שהסכימו איתכם הערב על הנושא הזה ובכבוד רב אני פונה אל אנשי גוש כחול לבן בממשלה הזו: אל תצביעו בעד החוק שאוסר הפגנות.

"זה חוק ציני, לא ראוי ומפלג שלא לצורך. ממשלה שכואבת את כאב האזרחים ומבינה לליבם בעת הדרמטית הזו, לא מביאה חוק כזה לכנסת לחקיקת בזק, כמעט מחטף של הכנסת, בערב יום הכיפורים. כמו שהרב דרעי והמנהיגים הרוחניים קוראים לציבור שלא ללכת לתוך בתי הכנסת, בואו נקרא אנחנו לציבור המפגינים לשמור על נפשם, נקרא למנהיגים שלהם לשמור על שלום הציבור. בשביל זה לא צריך חוק בזק שהולך לשגע את המדינה ואת בית המחוקקים".

לסיכום דבריו אמר השר שי הוא מפקיד בידי מזכיר הממשלה את פתק ההצבעה שבו נכתב כי הוא מתנגד לסגר המלא, ואמר: "אני מצביע נגד החוק, שכמו שהוסבר לנו בישיבת קבינט הקורונה, כל מטרתו היא למנוע הפגנות. החוק הזה שהממשלה מתכוונת להעביר לכנסת לחקיקת בזק נעשה בתהליך לא ראוי ולא נכון שרק יעורר סערה, ריב ומדון, שלא לצורך בקרב אזרחי ישראל. בחלופות שאני הצעתי, אולי באחרות, לא נבזבז זמן על הפגנות".