מערכת הביטחון והמוסד בנו תכנית מפורטת שנועדה להתמודד עם החיים בשגרת הקורונה, אך היא נדחתה על ידי ראש הממשלה נתניהו, כך על פי נדב איל בחדשות 13.

בחודש אפריל ניסחו מערכת הביטחון והמוסד בראשות סגן ראש המוסד לשעבר א', תכנית מפורטת להיערכות לאומית בנוכחות הקורונה. התכנית כללה הקמת מנגנונים מרובים ומורכבים שתכליתם מניעת גל שני מאסיבי בישראל.

בין היתר: חלוקה דיפרנציאלית של אזורים בישראל, הגדרתם כירוקים/אדומים,המעברים ביניהם, מערך מידע טכנולוגי, מרכז פלסמה לאומי, מינוי מנהל אחד למאבק בקורונה ועוד. היא נוצרה בהתייעצות עם מערכת הבריאות ואמורה הייתה לנטר באורח קבוע את התחלואה בישראל ולמנוע התפרצות נוספת.

עם זאת, ראש הממשלה שלו הוצגה התכנית גנז אותה כאמור כמעט מייד. עם זאת אומצה תכנית אחרת של המל"ל וצוות המומחים בראשות פרופ' וקסמן.

מלשכת ראש הממשלה נמסר בתגובה כי "לא רק שראש הממשלה לא שולל מינוי אדם אחד לרכז את מערך הבדיקות והמידע, זה בדיוק מה שהנחה את שר הבריאות לעשות והוא עושה זאת עכשיו".