יחידת מגלן הוקמה בינואר 1986, כיחידת קומנדו המתמחה בלוחמת נ"ט תוך שימוש באמל"ח מתקדם. במשך השנים פעלה היחידה בלבנון במבצעים חשאיים. ההגעה אל היחידה מתבצעת בשני אופנים. מלש"ב שעובר יום סיירות עובר ראיון ועל פיו יכול להתקבל ליחידה, או לאחר גיבוש דרך חטיבת הצנחנים. מפקד היחידה השני היה ח"כ לשעבר אל"מ) מוטי יוגב. יו"ר ימינה נפתלי בנט היה מ"פ ביחידה.