הרב הראשי לישראל ונשיא מועצת הרבנות הראשית לישראל הרב יונה מצגר ספד לגאון רבי יעקב יוסף ז"ל שהלך לעולמו בצהריים (ו') אחר מאבק ארוך במחלת הסרטן.

"רבי יעקב היה תלמיד חכם עצום ובעל שיעור קומה תורני והלכתי. פטירתו היא אבידה עצומה לעם ישראל, לארץ ישראל ולעולם ההלכה והפסיקה הספרדי.

הוא התפרסם בזכרונו הפנומנלי וישרותו היתה לשם דבר. האמת היתה נר לרגליו ולא פעם מצא עצמו מעבר אחד של הנהר וכל העולם מהעבר השני – אך הוא דבק באמת הפנימית שלו ולא ויתר. בשנים האחרונות נזדכך בייסורים קשים אותם קיבל באהבה וללא כל טרוניה. למרות זאת, המשיך להרביץ תורה ולפעול לקירוב לבבות לאבינו שבשמים." אמר עליו הרב מצגר.

עוד הזכיר הרב הראשי לישראל את אהבתו לארץ ישראל שהיתה עצומה "הצטער צער רב על כל שעל מאדמת א״י שהוחזר כאילו היה יהלום יקר ערך שאבד וזעק על כך מקירות ליבו."

"צניעותו המופלגת היתה מן המפורסמות וכל ימיו הסתפק במועט. זכה רבי יעקב להעמיד תלמידים רבים בכל רחבי תבל. דאג לחינוכם של ילדי וילדות ישראל ובעיקר כאב את כאבה של כל בת ישראל ספרדייה שנאלצה להתמודד מול גל מחסומים וקשיים שהוערמו בדרכה להתקבל למוסד חינוכי וקידש על כך מאבק ציבורי."

הרב מצגר מסר תנחומים למשפחתו של הרב, ובראשם אביו הראשון לציון הרב עובדיה יוסף לרעייתו של הרב ולבניו ובנותיו החשובים.

שר השיכון, אורי אריאל ביכה גם הוא את פטירת הרב יעקב יוסף ז״ל: "ברוך דיין האמת, אבד צדיק מן הארץ. יחד עם כל עם ישראל אני מתאבל ומוסר תנחומים למשפחת הגאון רבי יעקב יוסף זצ״ל שהיה מגדולי הפוסקים ומורי ההוראה בדורנו. איש האמת ,מרביץ תורה לאלפים ורבבות, לוחם מלחמתה של תורה, ולוחם למען ארץ ישראל ושלמותה״.

במועצת יש"ע שגרו גם הם הודעת אבל בה נכתב: "הרב יעקב יוסף  זצ"ל בנו של מרן הרב עובדיה יוסף שליט״א שהיה מקושר בכל נימי נפשו לארץ הקודש ועסק ללא ליאות וללא מורא בשמירה על חבלי ארץ ישראל. היה ידיד אמת של ההתיישבות ביהודה ושומרון פעל רבות לחיזוקה ועמד בחזית המערכה למען שלמות הארץ."