שר החינוך הרב רפי פרץ עונה להשתלחויות של ניצן הורוביץ', בו ובשאר רבני הציונות הדתית שמזלזל ויורד יום אחר יום על רבניה ואנשיה.

"ניצן", כתב לו פרץ בחריפות, "אם היית עושה חצי ממה שאני עשיתי עבור מדינת ישראל –  הייתה לך הזכות לדבר". בתגובה חריגה תקף את הורביץ: "כשאתה הגשת תכניות ברדיו אני חילצתי פצועים מסולטן יעקב ומכביש ביירות-דמשק".

הוא כינה אותו "פריבילג ומתנשא", ואמר כי הוא "רק מפיץ שנאה נגד כל מה שקשור ביהדות ובמסורת. סימנת את הציונות הדתית, אנשים שתורמים ומסורים לעם ולמדינה רק כדי לקושש עוד קולות לשמאל הפוסט-ציוני". לבסוף סיכם: "אנחנו נמשיך עם האמת שלנו וככה, כמו בפעמים הקודמות, גם ננצח. אתה תמשיך לרטון ואנחנו נמשיך לעשות".

הורוביץ אמר על שר החינוך כי "הוא בובה. שחושב, ופועל, על פי תכתיבים של רבנים קיצוניים, בדיוק כמו ה"רב" שמואל אליהו, שאמר על החילוניים שצריך ״לטחון להם את הראש, להחזיר להם את הילדים בתשובה"", כתב את דבריו המחפירים בפייסבוק.