ארבעה ימים לאחר שפרצה סערה עם התייחסותו השנוייה במחלוקת סביב טיפולי המרה לקהילה הלהט"בית, שיגר שר החינוך מכתב למנהלי בתי הספר: "מעולם לא הצעתי לעשות טיפולי המרה אליהם אני מתנגד נחרצות".

במכתב שנשלח, לא חוזר בו שר החינוך מדבריו: "אני יודע שטיפולי המרה הם דבר פסול וחמור. מדובר בטיפול פולשני שאינו תואם את נפש האדם, מסב למטופלים בו יותר סבל מהקלה, ומגיע אף עד כדי סכנת חיים מאובדנות שניתן למנוע".

מתייחס לגופו של הראיון, בו השיב: "כשנשאלתי על הנושא עניתי שבשנותיי הרבות כאיש חינוך, פנו אליי לא פעם בנושא הנטייה המינית. תמיד הקשבתי ברוב קשב למצוקה שהועלתה בפניי ולפעמים הצעתי התייעצויות עם אנשי מקצוע".

עם זאת הבהיר: "מעולם לא הפניתי כתף קרה או הצעתי לעשות טיפולי המרה, להם אני מתנגד נחרצות".

בראיון לחדשות סוף השבוע במוצאי שבת אמר הרב פרץ על טיפולי המרה לקהילה הגאה: "אני חושב שאפשר, גם עשיתי את זה. אני מכבד כל אדם באשר הוא אדם".

במכתב הדגיש כי "אני יודע שטיפולי המרה הם דבר פסול וחמור, זוהי עמדתי והיא אינה משתמעת לשני פנים. אני מבין שמדובר בטיפול פולשני שאינו תואם את נפש האדם, מסב למטופלים בו יותר סבל מהקלה, ומגיע אף עד כדי סכנה חיים מאובדנות שניתן למנוע. מעולם לא חשבתי, ודאי שגם לא אמרתי שנכון להכניס טיפול שכזה למערכת החינוך, ומאליו מובן שאין בכוונתי לשנות מעמדתי זו".

למנהלים אמר לבסוף כי "במשך הזמן תיווכחו בעצמכם שאנו רואים את המשימה עין בעין. יש לי אמון מלא בכם וציפייה גדולה להיות לכם לעזר בכל תחום", חתם את המכתב שיביא לתקוותו לסיום הסערה העגומה.