ביום כיפור האחרון התארח הרב אלישע וישליצקי זצ"ל במכינת 'נטע שורק' ביישוב אפרת שבגוש עציון, שם למד ולימד בנו.

הוא היה כבר ממש חולה, לא היה לו כמעט קול לאחר שעבר התקף לב קשה ועוד סדרה של אירועי לב. לכל אורך התפילה, הרב ישב על כיסאו, חוץ מתפילת שמונה עשרה וקדיש מדי פעם, כשהוא שותה מים בשיעורים ולוקח תרופות.

למרות מצבו הרפואי, הוא התעקש לקרוא את ספר יונה, לאחר שכובד בקריאת ההפטרה. הרב שנעצר כל כמה שניות, קרא לאט לאט, מילה אחר מילה מתוך הספר את ההפטרה שהתארכה לזמן של כמעט שעה.

כמה שעות לאחר מכן, במוצאי יום כיפור ובתום ברכת קידוש לבנה, התלמידים היו בהלם. הרב פתח את פיו לדבר ושיגר משפטים משפטים שלמים: "היה לי ממש טוב, תודה רבה לכולם" וברך את הרבנים ותלמידי המכינה.

בצהריים דיווחנו בסרוגים כי הרב אלישע וישליצקי ראש בית המדרש מהו"ת ומרבני הציונות הדתית נפטר לאחר אשפוז ממושך.