ביום 6/10/2016 רפי רותם הורשע בחמש עשרה עבירות של העלבת עובד ציבור, בעשרים עבירות של הטרדה באמצעות מתקן בזק ובשלוש עבירות של הפרת הוראה חוקית.

השופט הבכיר דניאל בארי קבע כי מעשיו של הנאשם כולם נבעו מאותה אמונה של סגירה לא מוצדקת של תיק החקירה ברשות המיסים, על כן יש לגזור עליו עונש אחד: בגין העבירות של הטרדה באמצעות מתקן בזק והעלבת עובד ציבור – חמישה חודשי מאסר על תנאי למשך שלוש שנים. בגין העבירה של הפרת הוראה חוקית –  ארבעה חודשי מאסר על תנאי למשך שלוש שנים.