ארגון האנרגיה האטומית של איראן אישר הבוקר (שישי) כי נגרם נזק למתקן הגרעין בנתנז, שנפגע בתקיפות הישראליות באיראן במהלך הלילה. לדבריהם, אין דליפה של זיהום רדיואקטיבי או כימי מחוץ למתקן, ולא דווח על נפגעים. במקביל, יו"ר הסוכנות הבינלאומית לאנרגיה אטומית שוחח עם נשיא המדינה יצחק הרצוג, וציין כי מתקן הגרעין נפגע אנושות.

לפי ההודעה האיראנית, "אנחנו בוחנים את הנזק שנגרם כתוצאה מהתוקפנות הציונית על המתקן בנתנז. אין דיווחים על נפגעים בקרב אנשי הצוות, ואין התפשטות של חומרים רדיואקטיביים מחוץ לאתר". עוד טענו כי "מנכ"ל הסוכנות הבינלאומית לאנרגיה אטומית לא גינה את איומיה הקודמים של ישראל ולא את התקיפה היום".

המתקן הגרעיני בנתנז נחשב כאחד המתקנים המרכזיים בפרוייקט הגרעין האיראן, ושימש להעשרת אורניום. מאז הקמת המתקן בשנת 20220 האתר הותקף 4 פעמים: ב-2011 מתקפת סייבר פגעה במערכות הבקרה ששלטו בצנטריפוגות, וב-2020 פיצוץ התרחש במפעל לייצור צנטריפוגות במתקן ההעשרה.

ב-2021 הפסקת חשמל במפעל גרמה לפיצוץ שהרס את מערכת החשמל של המתחם, כשאיראן האשימה את ישראל בביצוע מתקפת סייבר שגרמה לפיצוץ. באפריל 2024 דווח בתקשורת הזרה כי ישראל תקפה והשמידה את מערכות ההגנה האווירית שנועדו להגן על המתקן הגרעיני בנתנז, זאת בתגובה למתקפת הכטב"מים של איראן לעבר ישראל מספר ימים לפני כן.