מפקד פיקוד המרכז, אלוף אבי בלוט, מפקד אוגדת יהודה ושומרון, תא״ל יקי דולף, ראש המנהל האזרחי, תא״ל הישאם אבראהים ומפקד חטיבת אפרים, אל״ם נתנאל שמכה, ערכו תחקיר ראשוני בשטח לאחר אירוע הפרות הסדר בפונדוק. מהתחקיר עולה כי אמש (שני) עשרות אזרחים ישראלים, חלקם רעולי פנים הגיעו בשעות הלילה לאזור פונדוק שבחטיבת אפרים, הציתו רכוש וגרמו לנזק.

לפי הודעת דובר צה"ל, "עם קבלת הדיווחים כוחות של צה״ל ומשטרת ישראל קפצו לנקודה. האזרחים זרקו אבנים ותקפו את כוחות הביטחון". בעקבות האירועים נפתחה חקירה משותפת של המחלקה לחקירות שוטרים והמשטרה הצבאית החוקרת.

מפקד פיקוד מרכז, האלוף אבי בלוט, אמר בנקודת האירוע כי "כל הפרת סדר אלימה פוגעת בביטחון וצה״ל לא יאפשר אותה".

כזכור, שני בני אדם נפצעו מירי באירוע שהתרחש אמש סמוך לפונדוק, בהם אחד באורח אנוש והשני באורח קשה. אירוע התרחש לאחר מרדף משטרתי רגלי של מאות מטרים, בסיומו הגיעו שוטר וחייל יחד בסמוך ליישוב רמת גלעד בשומרון – שם החל ויכוח בין השוטר לקבוצת נערים יהודים. במהלך הויכוח, רוסס גז פלפל לעבר השוטר, השוטר איבד עשתונות ופתח באש לכל עבר, ירי מרובה, ללא הבחנה, חייל שהיה איתו הצטרף לירי.

מהירי נפגעו מספר נערים, אחד נפגע מכדור בראשו, נער נוסף קיבל כדור בכתף, נערים נוספים נפגעו כתוצאה מהירי טופלו בשטח בידי חובשים, ולא נזקקו לפינוי. לאחר הירי השוטר היה נסער, והחל לבכות, לא תיפקד, ולא העניק סיוע רפואי לנפגעים, השוטר אמר "מה עשיתי" ו- "מח"ש כבר יטפלו בי". החייל שהינו חובש, היה נסער אבל סייע בטיפול בפצועים.

יש לציין כי לשוטר והחייל לא היה ספק כי מדובר ביהודים שכן הם צעדו אחרי קבוצת היהודים מרחק רב. כזכור אמש שני יהודים נפצעו באורח קשה ואנוש מירי שגוי של שוטר סמוך לרמת גלעד שבשומרון.