ועדת החקירה לנושא הצוללות שלחה מכתבי אזהרה לשורה של גורמים פוליטיים וביטחוניים בעבר, ביניהם ראש הממשלה נתניהו ושר הביטחון דאז בוגי יעלון.

הוועדה לחקר רכש הצוללות, והפרשות שהתפתחו סביב תהליך הרכש של כלי השיט פרסמה מכתבי אזהרה לשורת גורמים העלולים להיפגע ממסקנות הוועדה.

בין הגורמים להם שלחה בועדה מכתבי אזהרה נמצאים: ראש הממשלה בנימין נתניהו, על פי פירוט הוועדה קיים סיכוי כי יקבע כי נתניהו: קיבל החלטות על ביטחון המדינה ובניית צה"ל ללא תהליך סדור, הגיע לסיכומים מדיניים מול גרמניה ללא תיעוד וללא עירוב הממשלה ואף כי הפך את המל"ל לגוף ביצועי תחת ראש הממשלה, שפעל בסתירה למערכת הביטחון.

בוגי יעלון, מי שהיה שר הביטחון בזמן תחילת תהליך רכש הצוללות וכלי השיט, על פי מסקנות הועדה יתכן כי יקבע שיעלון אחראי לכך שפעל הניגוד להחלטות הממשלה במסגרת רכישת כלי השיט בשורה של מקרים, ואף כי הציג מצג שווא בבית המשפט העליון.

יוסי כהן, מי שהיה דאז ראש המל"ל והיועץ לביטחון לאומי גם הוא הוזהר כי הוועדה עלולה לקבוע כי נמנע מלהבהיר לחברי הממשלה חלקים בהחלטת הרכישה כפי שהיה מתפקידו לעשות, פעל בניגוד למסגרת החלטת הממשלה בשורת מקרים, הדיר את מערכת הביטחון מהתהליך ופעל באופן שייצר יתרון לא הוגן למספנת טיסנקרופ.

בנוסף, הוזהרו גם רם רוטברג, מי שהיה אז מפקד חיל הים בנוסף למר אבנר שמחוני, עובד המל"ל באותם שנים שלקח חלק בתהליך הרכש.