לאחר ששותפו לראשות המכינה בעלי, הרב יגאל לוינשטיין, עורר סערה בעקבות דברים שאמר נגד הקהילה הלהטב"ית, כעת גם הרב אלי סדן יוצא בביקורת חריפה וחסרת תקדים נגד הצבא ומכנה את פקודת השירות המשותף 'גזירת שמד'.

בשיעור שהעביר לתלמדיו במכינה ותוכנו הובא ב'מקור ראשון', אמר הרב סדן כי פקודה שמחייבת קצין לשרת בגדוד מעורב היא כמו 'גזירת שמד', שבאמצעותה מכריחים את הקצין הדתי לעבור על איסורי תורה. בנוסף לכך הבהיר שבמציאות מורכבת, אין שום שינוי בחשיבות שיש לגיוס ולצבא וליחידות הקרביות ביותר.

הרב סדן אמר לתלמידו שרבני הציונות הדתית לא הצליחו לשכנע את הרמטכ"ל גדי אייזנקוט יאת בכירי הצבא לשנות את הפקודה:
"בימים האחרונים נגררתי, שוב בעל כורחי, לסוגיות הקשות של השירות המשותף. הצבא נכנס לאיזושהי פינה שחשוב לו שיהיה בפקודה כי מי שממונה לקצין לא יוכל לדרוש לא לשרת בגדוד מעורב. כל הרבנים ואני הסברנו לרמטכ"ל ולכל הפורום של הבכירים בצבא ששבעים שנה מאז שמדינת ישראל קיימת לא היה חוק כזה, שמחייב אדם דתי לעבוד על תורתו".

דבריו הרב יגאל לוינשטיין בכנס מרכז ליב"ה

[[[http://www.srugim.co.il/wp-content/uploads/2016/07/יגאל-לוינשטיין.mp4]]]

הרב סדן התייחס לפקודה לפיה ראש אגף כוח אדם בצה"ל, יקבע לקצין דתי אם יעבור על איסור תורה או לא ואמר: "בעצם מה שכתוב בפקודה הוא שאם החלטת ללכת לקורס קצינים, מאותו רגע ראש אכ"א יקבע לך אם תשמור את ההלכה, את 'השולחן ערוך'."

עוד אמר: "זה מה שכתוב שם בפקודה. אם אתה לא רוצה לשרת בגדוד מעורב, ואי אפשר לשרת בגדוד מעורב בלי להיכשל באיסורי נגיעה וייחוד, אז ראש אכ"א ידון בשאלה שלך"

הרב סדן ביקש להדגיש כי התנהלותו של הצבא בסוגייה הרגישה הביא לשבר גדול בין הציונות הדתית לצבא: "ככל שאני מסביר לאנשים, אני לא יודע אם זה יועיל אבל זה בעצם שבר כל שיתוף פעולה שלנו עם המדינה, אז בגלל זה לא אלך לצבא? אנו עומדים במצב שבו אנחנו רואים דברים איומים ונוראים, ממש בגזירת שמד, פקודה שאומרת רודני, אם אתה רוצה להיות קצין בצבא, אתה צריך לוותר על התורה. זה דבר של קרה מאז קום המדינה בשום תחום".

למרות הדברים, הבהיר הרב סדן, כי אין שום שינוי מבחינת גישתו וגישת המכינה לשרת בצה"ל.