יו"ר האיחוד הלאומי, חבר הכנסת יעקב כץ, הגיב הבוקר למעצרו של הרב יעקב יוסף ואמר שעל תלמידי הרב להתאסף סביב ביתו, "להביע את הערצתנו והערכתנו לגאון ישראל, תוך שמירת החוק.

ננצח בכך שנמשיך לגדול ונמתין מעט ליום שנהיה הרוב במדינה, אז נחוקק את החוקים המתאימים אשר דרכם נחקור את כל מי שפשע מטעם הקליקה של בית המשפט והפרקליטות שישבו על צווארו של העם היהודי ופשעו נגדו".

חבר הכנסת כץ, התייחס גם לממשלת נתניהו ואמר כי "ממשלת נתניהו מאבדת את הלגיטימיות המוסרית שלה בכך שחטפה ועצרה את שני גדולי ישראל. זהו פשע שעם ישראל לא יוכל לסלוח עליו".

ידידו של הרב יעקב יוסף חבר הכנסת ניסים זאב (ש"ס) אמר אחרי המעצר כי המעצר הוא: "רדיפה נגד עולם התורה ונגד גדולי ישראל, הסתה נגד הציבור התורני".

חבר הכנסת זאב הוסיף כי "הרב בהלם מכל המעצר הזה, הוא לא מבין על מה זה". לדבריו אם תימשך המגמה הזו, "מחר כל חזן קורא בתורה ייחשב למסית ומדיח. זו תפיסה מרוקנת ועקומה. בשום מקום דמוקרטי בעולם לא מתנהגים כך כמו בולשביקים על הבעת דעה. איפה חופש הדיבור?".

גם רבני המטה להצלת העם והארץ הגיבו למעצר ובהודעה שפרסמו אמרו כי "חקירתו וחטיפתו של מרן פאר הדור הגאון רבי יעקב יוסף בנו בכורו של מרן הראשון לציון רבי עובדיה יוסף, היא נעיצת סכין בתורת ישראל וביזוי אחד מגדולי הדור שכל התורה כולה מונחת בכף ידו.

הפרקליטות ומשטרת ישראל הכריזו מלחמה על תורת ישראל ורבני ישראל. מעשים אלו לא יעברו בשתיקה, ואנו קוראים לכל מי שיכול, להביע את מחאתו הכי חריפה נגד פשעים אלו. וכבר אמרו חז"ל "כל המבזה תלמידי חכמים אין רפואה למכתו. כל מי שנטל חלק בחטיפת מרן הרב יעקב יוסף לחקירה לא יינקה בעולם הזה ובעולם הבא וידאג לעתידו", נאמר בהמשך ההודעה.

בהקשר לכך קרא הבוקר יונתן יוסף, בנו של הרב לציבור תלמידיו לצאת במחאה על המעצר. בראיון לרדיו קול חי אמר יונתן כי על התלמידים לצאת לצמתים הקרובים לביתם עם ספרי תהילים וכך למחות על מעצרו של רבם. 

בתוך כך הרב שמואל אליהו התייחס בראיון לערוץ שבע למעצרו של הרב יעקב יוסף ואמר כי המעצר חייב להוביל למחאה חריפה נגד הפרקליטות.

הרב אליהו הסביר כי "המחאה היא לא נגד מערכת המשפט אלא בעדה. כשציבור כל כך גדול חש עוול כנראה שבאמת יש כאן עוול, עוול נורא שזועק לשמים, איך יתכן שמרצים אנשי שמאל מסיתים לרצח יהודים ואיש לא עושה להם דבר ולעומתם רבנים שחתמו על הסכמה לספר, שגם הוא לא קורא בשום פנים ואופן לרצח ערבים, נעצרים ונחקרים".

הרב אליהו הוסיף כי מטרת המחאה אינה הרס פרקליטות המדינה אלא בניית מערכת משפט שוויונית יותר והגונה יותר, "אנחנו מתפללים "השיבה שופטינו כבראשונה", שתהיה מערכת משפט הגונה ושוויונית, שכל הציבור יוכל לתת בה אמון, ולצורך זה חייבת להיות מחאה חריפה ונמרצת, ומי יודע, אולי היינו חייבים ששני צדיקים אלו יעצרו על מנת להגיע לזה" קבע הרב.