בקובץ פקודות חדש של הרבנות הצבאית לכלל יחידות צה"ל מורה הרבנות לקיים פעילות בתחום תודעה יהודית אחת לחודש. על הפעילות להיות מוצגת באופן רשמי בלוח זמני אירועי היחידה ממש כמו מטווחים ומד"סים. בנוסף לכך, על כל מפקד לוודא כי יחידתו תצא אף ליום עיון תורני אחת לשנה.

 אלו הם צעדיו הראשונים של הרב הצבאי הראשי תא"ל הרב רפי פרץ שממשיך את דרכו של הרבצ"ר הקודם הרב אביחי רונצקי והופך את הרבנות הצבאית לרלוונטית בצה"ל יותר מאי פעם. עוד בקובץ, פקודות בגין חיוב עירוב והוראות לטיפול בגופות חללים.

צעד מהפכני זה של הרבצ"ר הינו עוד ניצחון של הרבנות במאבק עם חיל חינוך על אופי פעילויות התרבות והפנאי של חיילי צה"ל. המאבק בין חיל חינוך ובין חיל הרבנות הצבאית החל לקבל תנופה וכותרות במלחמת לבנון השנייה בה מי שליווה את הלוחמים בחזית וחיזקו את רוחם היו אלה אנשי הרבנות ולא אנשי חיל חינוך, לפחות כפי שהיה מצופה על פי הגדרות ייעוד החיל. בחיל חינוך התרעמו על כך שמש"קי הדת חורגים מתפקיד יבואני אתרוגים ומצות ותופסים את מקומם של מש"קי החינוך.

מאבק החילות הגיע אף לבית הספר לקצינים בה"ד 1. בכל שבת מלווה את הצוערים איש דת שמוזמן במיוחד ע"י רבנות הבה"ד ומרצה במשך השבת בנושאי יהדות לכלל הצוערים שאינם מחויבים להתייצב להרצאה. לפני שנה הופתעו הצוערים לגלות כי גם חיל חינוך החל להזמין לשבתות אנשי רוח על מנת להתחרות עם אנשי הדת מטעם הרבנות.

מדובר צה"ל נמסר אז בתגובה: "התכנים המועברים בבית הספר לקצינים של צה"ל נקבעים על ידי מפקד הבה"ד. כלל התכנים משקפים את מגוון הדעות בציבור ובחברה הישראלית, וההשתתפות בהרצאות נתונה לבחירתם האישית של הצוערים. הרבנות הצבאית וחיל החינוך משתפים פעולה בעשייה הערכית בצה"ל".

בחיל החינוך לא מתכוונים לוותר, אתמול (ד') בכנס באוניברסיטת בר אילן תקף קצין חינוך ראשי תא"ל אלי שמייסטר, את רבנות הצבאית בכך שהיא חורגת מסמכויותיה. שמייסטר אמר "אנחנו מחוייבים לממלכתיות ולהצגת מגוון הדעות. לא נעמוד מול החיילים ונציג איזושהי אמת שמזוהה עם איזושהי אידיאולוגיה. האחריות על החינוך לזהות היהודית בצה"ל מוטלת על חיל החינוך והנוער כדי לא לאפשר לאידיאולוגיות מכל סוג שהוא להיכנס למערכת החינוכית. אלה הכללים. זו המדיניות. היו חריגות והדברים תוחקרו ותוקנו".

הרב אביחי רונצקי הגיב על דבריו, כי הרבנות הצבאית אינה עוסקת בהחזרה בתשובה וטען כי אין מנוס מלחזק את הזהות היהודית כאמצעי להצלחה גדולה יותר במלחמה. לדבריו, מיד עם כניסתו לתפקיד הוא קיבל דרישות להוספת הסברה ותכנים יהודיים, בעיקר מחיילים שאינם דתיים.