"ניכר בספר שהוא צריך זהירות, ולא בכדי לא הובא לדפוס על ידי הרב, או בנו ובכירי תלמידיו עד היום", כך כותב הרב ברוך אפרתי, רב קהילת "זית רענן" באפרת ולשעבר ראש המכינה הקדם-צבאית בלוד, על ספרו של הרב קוק, "לנבוכי הדור", שנחשף בימים האחרונים לאחר יותר ממאה שנים בהן היה גנוז.

בתשובה לשאלה באתר "מורשת", ענה הרב אפרתי כי הספר "מדבר על נושאים רגישים לא מעטים בצורה בהירה ומעט נועזת, עם דגשים שונים משאר כתבי הרב, עם סתירות למקומות אחרים מאוחרים יותר בכתבי הרב, עם סגנון כתיבה לא רגיל בכתבי הרב, ועל כן יש בכך גם עונג גדול מחד אך גם אפשרות לסכנה למי שאינו בנוי כראוי באמונתו מאידך".

לטענת הרב אפרתי, הרב קוק לא ראה את הספר כמתאים לפרסום ברבים, ואף נמנע מלהורות לבנו, הרצי"ה קוק, לפרסם אותו, כפי שעשה בנוגע לכתביו האחרים. הרב אפרתי מוסיף וכותב כי הוא אמנם קרא את הספר בשקיקה, אך ללומדים מתחילים מומלץ שלא לעשות כן: "אני ממליץ שלא ללמוד אותו לפני שלמדת כראוי את ספרי הרב הידועים שבידינו, בעמל ומפי תלמיד חכם. ואחר כך, זיל גמור, תוך זיכרון העובדה שהספר נכתב בבויסק, לפני הקבצים השונים שמדריכים לדגשים שונים, שאותם הרב עודד לפרסם בידי הרב הנזיר והרצי"ה בניגוד אליו". על עובדת פרסומו המחתרתי של הספר כותב הרב אפרתי כי "מי שגורם לתפוצת סודות ד' באינטרנט לפני שהסתיימה גמר עריכתם, צריך לעיין בנפשו מניין זה מגיע, מטהרה או מחטטנות".

בתוך כך, אחדים הצביעו על קשר בין כמה מהשקפותיו של הרב קוק המובעות ב"לנבוכי הדור" ובין השקפותיו של הרב יובל שרלו, ראש ישיבת ההסדר פתח תקווה. הרב שרלו נשאל באתר "מורשת" על היחס בין שיטתו בדבר מרכזיות בריאת האדם בצלם אלוהים, כפי שבוטאה בספרו האחרון "בצלמו" (הוצאת ראובן מס, תשס"ט), לבין הדגש ששם הרב קוק על בריאת האדם בצלם אלוהים בראש החיבור "לנבוכי הדור". בשאלה אף הוצבע על קשר בין עיסוקו של הרב שרלו בקריאה המוסרית של התורה ובין תפיסה דומה שמבטא הרב קוק בחיבור שנחשף זה עתה.

הרב שרלו השיב כי לא הייתה לו גישה לכתבי הרב קוק שלא פורסמו, וכי עולמו הרוחני אכן הושפע ברובו מתלמידיו של הרב קוק, אך גם מרבנים נוספים, בהם הרב אהרן ליכטנשטיין. בנוגע לדמיון שבין תפיסותיו ובין תפיסות המובעות ב"לנבוכי הדור" כותב הרב שרלו כי "כשראיתי לראשונה את 'לנבוכי הדור' התרגשתי מאוד. העובדה שהרב זצ"ל התחיל בצלם אלוקים והעמיד אותו במוקד – הייתה בשבילי מקור עידוד ותמיכה מהרב קוק בכל הדרך בה אני מנסה ללכת; העובדה שהרב העמיד את הנושא המוסרי כנושא העיקרי, ואף קרא להתמודדות מוסרית עם התורה ומקורה הא-לוהי חיזקה כל כך את מה שאני מאמין בו שנים רבות."

הרב שרלו הוסיף כי "מסתובב ברשת מכתב של אחד ממשיכי דרכו הרבים של הרב קוק, שהוא רב שאני אוהב להתמודד עם דבריו, בין אלה שאני מסכים אתם ובין אלה שלא. דברי הרב קוק לא מסתדרים בתפישת עולמו, ועל כן הוא מנסה לשכנע כי אלה דברים מוקדמים, שהרב קוק חזר בו וכדומה". לעומתו טוען הרב שרלו כי "הדברים אינם נכונים, והם מלמדים בדיוק את ההפך הגמור: זו אכן משנת הראי"ה, והדברים בספר זה חשובים מאוד".