פרקליטות מחוז ירושלים הודיעה לרב מרדכי אלון כי תגיש נגדו כתב אישום. כתב האישום יינתן רק לאחר שימוע שייערך לרב אלון.

כתב האישום התאפשר לאחר חוות דעת של היועץ המשפטי לממשלה, יהודה ויינשטין, שהכריע בסוגיה. הרב אלון יואשם ככל הנראה בביצוע מעשים מגונים בשני נערים לפחות לפני כשבע שנים.
פרשת הרב אלון החלה לפני כשנה, כשחברי "פורום תקנה" פירסמו את החשדות נגד הרב אלון. הפרסום נבע בעקבות הפרת הסיכום ביניהם ובין הרב אלון בו היה אמור לחדול מעיסוק חינוכי.

בחודש אב האחרון, המליצה המשטרה לפרקליטות להעמיד לדין את הרב אלון, אחרי שאותר בחור שהעיד מפורטות נגד הרב אלון, בחשד למעשים שהוגדרו כ"אין רוח חכמים נוחה מהם." במהלך החקירה פנה מתלונן נוסף כנגד הרב אלון בגין עבירות דומות. הרב אלון זומן לחקירה נוספת תחת אזהרה בהמשך לתלונות אלו.

החלטת הפרקליטות התעכבה זמן רב בשל שביתת הפרקליטים והוגשה לחוות דעתו של היועץ המשפטי רק לפני כשבועיים. היום נפלה ההחלטה להגש את כתב האישום.

הרב אלון עצמו מעולם לא התייחס להאשמות נגדו, ורק אמר כי הוא חווה "ייסורים של אהבה". מקורביו מסרו ל"סרוגים" כי הרב ימשיך בשגרת חייו כרגיל, וימשיך למסור שיעורים ולהשתתף בכל אירוע שיזמינו אותו. "אין לנו ספק שהצדק יצא לאור" אמרו המקורבים.