יום הכיפורים (נקרא גם יום כיפור) הוא יום צום ותפילה החל ביום העשירי של חודש תשרי. מקור החג מוזכר בתורה בספר במדבר (כט,ז): "וּבֶעָשׂוֹר לַחֹדֶשׁ הַשְּׁבִיעִי הַזֶּה מִקְרָא קֹדֶשׁ יִהְיֶה לָכֶם וְעִנִּיתֶם אֶת נַפְשֹׁתֵיכֶם כָּל מְלָאכָה לֹא תַעֲשׂוּ".

לפי המסורת בתורה שבעל פה, אחרי חטא העגל, עלה משה רבנו להר סיני לבקש סליחה על חטא עם ישראל. תחילת הימים הייתה בראש חודש אלול ואחרי ארבעים, ביום הכיפורים הסכים הקב"ה לסלוח לעם ישראל. מאז נקבע יום זה כיום סליחה וכפרה לעם ישראל. על יום הכיפורים נאמר: "כִּי בַיּוֹם הַזֶּה יְכַפֵּר עֲלֵיכֶם לְטַהֵר אֶתְכֶם מִכֹּל חַטֹּאתֵיכֶם לִפְנֵי יי תִּטְהָרוּ" (ויקרא טז,ל).

מצוות התענית מכילה חמישה איסורים: 1. אכילה ושתייה.2. רחיצה. 3. סיכה – מריחת שמן ובשמים על הגוף. 4. נעילת מנעלים מעור. 5. קיום יחסי אישות. בנוסף לחמשה איסורים אלו, קיים גם איסור על עשיית מלאכה (הבערת אש, כתיבה וכו'). מטרת איסורים אלו הינם לבטא כי האדם אינו כבול לצרכיו החומריים והוא יכול להתנהג יום אחד בשנה כמלאך. מאותה סיבה נוהגים ללבוש בגדים לבנים ביום כיפור.

יום הכיפורים מתחיל בשקיעת החמה של ערב יום הכיפורים ומסתיים בצאת הכוכבים של יום כיפור. בכניסת יום הכיפורים מדליקה אם הבית נרות, בדומה לשבת. במוצאי יום כיפור, עושים 'הבדלה' כמו במוצאי שבת.

בזמן שבית המקדש היה קיים, הייתה כל עבודת יום הכיפורים נעשית על ידי הכהן הגדול. עבודתו הארוכה נמשכה כל היום והיא מתוארת בתורה בספר ויקרא בפרק טז. ביום זה היה לובש הכהן הגדול בגדים לבנים, במקום הבגדים המוזהבים בהם הוא עובד כל השנה. ביום זה גם היה הכהן נכנס לקודש הקודשים, דבר האסור בשאר ימות השנה.

במהלך עבודת הכהן הגדול ביום הכיפורים הוא היה מטיל גורלות בין שני שעירים זהים, כשהשעיר שעלה עליו הגורל לה' היה נשחט בבית המקדש ודמו היה מוזה בקודש הקודשים. ואילו השעיר שעלה עליו הגורל לעזאזל, היה נלקח למדבר ומושלך למוות מצוק גבוה.

במהלך יום הכיפורים מתפללים בבית הכנסת חמש תפילות: ערבית, שחרית, מוסף, מנחה ונעילה. אחרי חורבן בית המקדש הוסיפו לתפילת מוסף סדרת פיוטים הנקראת "סדר העבודה" שחוברה בידי ר' יוסי בר יוסי, (חכם בן המאה ה-3 לספירה) המתארת את עבודת בית המקדש ביום הכיפורים.

לפני ערבית של יום הכיפורים אומרים את תפילת "כל נדרי" בו מבטל הציבור את כל הנדרים והשבועות שידור בשנה הבאה. לאחר מכן מכריזים כי "על דעת המקום ועל דעת הקהל בישיבה של מעלה ובישיבה של מטה אנו מתירים להתפלל עם העבריינים".

במהלך תפילות יום הכיפורים מתוודה היחיד והציבור על חטאיהם. הוידוי נעשה באמצעות פירוט החטאים לפי סדר הא'-ב', בשני נוסחים: הראשון הוא אשמנו, בגדנו, גזלנו וכו', והשני הוא פירוט החטאים, כשכל שורה מתחילה במשפט "על חטא". בין הוידויים אנו מבקשים מהקב"ה כפרה על אותם החטאים: "וְעַל כֻּלָּם אֱ-לוֹהַּ סְלִיחוֹת, סְלַח לָנוּ, מְחַל לָנוּ, כַּפֶּר לָנוּ".

בתפילת מנחה של יום הכיפורים קוראים כהפטרה את ספר יונה. בספר מצווה הקב"ה על יונה להחזיר את אנשי נינווה בתשובה. יונה בורח מהציווי ואחרי סערה בים, הוא מושלך ונבלע על ידי דג. בבטן הדג הוא מתפלל לקב"ה, ואחרי שהדג מקיא אותו ליבשה, הוא עומד מול מלך נינווה ומצליח  להחזיר אותו ואת אנשי עירו למוטב.

בסיום יום הכיפורים אחרי פסוקי קבלת עול מלכות שמים תוקעים בשופר, זכר לתקיעת השופר בשנת היובל, בה משתחררים העבדים לחירות. תקיעת השופר מסמנת את סיום יום כיפור, ולאחריה אומרים "לשנה הבאה בירושלים הבנויה".