הרב חיים נבון מתייחס להתבטאויותיו הראשונות של הרב רפי פרץ מאז מינויו לשר החינוך, ואומר כי קיים פער בין מה שנדרש לתלמידי מכינה ובין הצרכים של תלמידי מערכת החינוך.

"לא אהבתי את הצהרותיו הראשונות של הרב רפי פרץ כשר החינוך. פחות מבחנים, פחות ציונים, פחות שיעורי בית- זהו חזונו של הרב רפי למערכת החינוך", כתב הרב נבון.

לדבריו, "הרב פרץ הוא איש טוב ונעים, ומובן למה הוא מעדיף לפגוש תלמידים בנועם ובלי לחץ. מפעלו החינוכי המרשים הוא במכינה קדם-צבאית, עם חבר'ה שבאים אחרי הבגרויות כדי ללמוד במשך שנה, בלי מבחנים ובלי ציונים ובלי לחץ. חוששני שהוא טועה אם הוא מניח שאפשר להעתיק את ההיגיון של המכינות הקדם-צבאיות גם למערכת החינוך הפורמלית, שקודמת להן".

הרב נבון מסביר את ההבדל בין שתי מערכות החינוך ואומר: "ראשית, למכינות מגיע אחוז די קטן של התלמידים, שיותר מתאימים ללמידה כזו. שנית, גם בנוגע לתלמידים הללו, המכינות נשענות על כך שמישהו אחר כבר לימד את הילדים, בקושי רב, עם הרבה מבחנים ושיעורי בית, את כל הלימודים הבסיסיים והמשעממים למדי, שהם התשתית של כל לימוד עתידי. כך הם למדו, למשל, קרוא וכתוב. למשל, אנגלית. למשל, חשבון בסיסי. אפילו לימוד תורה, שהוא חיינו ואורך ימינו, לא תמיד מעניין ומלהיב. כששואלים אותי למה התורה חזרה בפרשת נשא על כל קרבנות הנשיאים שוב ושוב בפירוט מייגע, אני עונה: כדי שנדע שצריך ללמוד תורה גם כשזה משעמם".

הרב נבון מבקש להבהיר כי "ברור שמבחנים וציונים אינם הכול. הם רק כלי. בכל מקום שאפשר להצליח בלעדיהם – יותר טוב. אבל אי אפשר לוותר בחינוך על הכלים הללו. אי אפשר לוותר על מסגרת, אי אפשר לוותר על משמעת, אי אפשר לוותר על דרישות. אי אפשר שהלימוד יהיה תמיד כיף. הניסיונות לחינוך פרוגרסיבי ודמוקרטי, לא תובעני ולא מחייב, מחוללים קטסטרופות חינוכיות בעולם כולו".

בסוף דבריו כתב הרב נבון כי הוא "מקווה שהרב רפי יתעשת מהתרגשותו הראשונית עם כניסתו לתפקיד החשוב הזה, ויזכור שבחינוך צריך לדרוש, ולא רק לתגמל; להציב תביעות, ולא רק פינוקים; ללמד, ולא רק לטפח".