הרב בני אייזנר נולד בהר הצופים בירושלים, למד בבית ספר יסודי בתל אביב, ובילה את שנות התיכון שלו בקיבוץ יבנה. בשירותו הצבאי נלחם הרב במלחמת ששת הימים והיה מכובשי קבר רחל.

עם כיבוש המקום קרא הרב בני, "רחל רחל אתה יכול להפסיק לבכות … הילדים שלכם חזרו".

במהלך שירותו הצבאי התקרב הרב בני לרב צבי יהודה הכהן קוק בו ראה דמות המשלבת תורה יחד עם אהבת ארץ ישראל. ואחרי שנים של לימוד בישיבת מרכז הרב, שימש כנהגו האישי של הרב.

לאחר חתונתו, ובעידודה של אשתו שרה (לזוג נולדו 11 ילדים), החל הרב בני ללמד בתחילה בקיבות יבנה ואחרי מספר שנים, בישיבת אור עציון במרכז שפירא. בהמשך לימד הרב בישיבת מרכז לצעירים.

בראשית שנות ה-80' הוקם ארגון 'שלח את עמי' לשחרורו של נתן שרנסקי מהכלא הסובייטי בבית משפחת אייזנר, כשעד היום נשארו שתי המשפחות מיודדות. בית משפחת אייזנר היה גם מקום חם לתלמידים שחיפשו לשמוע שיעורים בתורת הרב קוק.

בשנים האחרונות התגורר הרב אייזנר ב'בית היהודי' בשכונת אבו טור בירושלים, הנמצאת מדרום לעיר העתיקה מול תחנת הרכבת הישנה. ביתם היה תחילת ההתיישבות היהודית בשכונה.

בשנה האחרונה התגלה אצל הרב גידול ממאיר והוא עבר טיפולים קשים כשלפני כשבועיים חלה החמרה משמעותית במצבו והוא נפטר בשבת פרשת נח.

יהי זכרו ברוך.