בדיון בבית המשפט החליטה השופטת ג'ויה שפירא להרחיק את הרב יהודה גליק מהר הבית למשך 45 יום, בגלל תלונה שהגישה נגדו אחת המגדפות המוסלמיות בהר הבית. במשטרה סרבו להציג את המתלוננת ולא הציגו ראיות או הוכחות מעבר לעדותה, למרות שהר הבית מרושת במצלמות אבטחה.

השופטת סירבה לוודא את גירסתו של גליק שטוען כי כלל לא נכח בהר הבית בשעה המדוברת. האליבי המובהק שהציג מלמד כי באותה שעה היה בכלל בבית משפט לתעבורה וזאת לפי עדות עורך דינו שנכח במקום וראה אותו שם באותה הזמן.

גליק טען במשפטו שמפקד מרחב דוד במשטרה אבי ביטון איים עליו מראש כי ימצא את הדרך לסלק אותו מהר הבית, ויש לו עדויות גם על כך. לטענתו "מי שלא קרא החלטת בית משפט כזה לא ראה "עולם הפוך מימיו". "השופטת ג'ויה שפירא היא מרשעת רצינית, או שהיא פשוט לא מכירה את המציאות!!!" התבטא גליק באזני מקורביו.

בפסק הדין שנתנה שפירא היא נזפה במשטרה על קולת ההתייחסות שלה אל העבירות שהיא מייחסת לגליק. המשטרה הסבירה במשפט שהיא אפילו לא עצרה את גליק, אלא הוא מעוכב חקירה בלבד. בתגובה כתבה השופטת ג'ויה: "הבוקר נידון בפני עניינם של שלושה אנשים אחרים אשר נעצרו בעקבות חיכוכים בין קבוצות יהודים לערבים בהר הבית. אותם אנשים השתייכו לקבוצת המוראביטון. הם נחשדו באלימות פחותה בהרבה מהאלימות המיוחסת למשיב שכן ממסמך מב ארבע עולה כי דחיפתו של המשיב גרמה לנפילת המתלוננת וגרמה לשבר ברדיוס הדסטלי. לא מצאתי טעם מה ראתה המבקשת להבחין בין אותם שלושה שנעצרו ובין המשיב שעוכב לחקירה. מכל מקום נוכח המסוכנות העולה מתוך המעשים מובן כי אין לשחרר את המשיב בתנאים שייפלו מן התנאים בהם שוחררו שלושת האחרים שנחשדו באירוע דומה. המשיב יורחק מהר הבית ומשעריו עד 18/10/14"
גליק, הודיע כי יערער על ההחלטה בתחילת השבוע הבא.
במטה ארגוני המקדש הגיבו: "מדובר באמירה פוליטית פסולה של השופטת כנגד היהודים העולים להר הבית, ולטובת המוסלמים תומכי חמאס ודעאש התוקפים את השוטרים מדי יום בהר הבית. השופטת ג'ויה שפירא שלא גילתה בדיון שהיא הגיעה לכס השיפוט מן התביעה בפרקליטות אך לפני חודשים ספורים, קיבלה אוטומטית את גירסת השוטרים העלומים, כאילו היא עדיין מייצגת את התביעה, ולא כמי שאמונה על בירור האמת השנויה במחלוקת בין הצדדים. על השופטת היה לחשוף את הפרט הזה ואת זה שלפני כן שירתה במחוז ירושלים, עובדה שהיתה דורשת ממנה תקופת צינון בדיוני התביעה. החלטתה תמוהה במיוחד נוכח העובדה שגליק כלל לא נכח במקום, והאליבי שלו היה קל לבדיקה בבית המשפט לתעבורה"