בכירים במערכת הביטחון קיימו ב-2012 התייעצות עם הרב עובדיה יוסף זצ"ל, מנהיגה הרוחני של ש"ס, באשר לתקיפה ישראלית באיראן – כך עולה מעדויות שפורסמו ב"קבינט החרדי" – סדרת כתבות שמפרסם בימים אלו העיתונאי עקיבא וייס בכאן 11 על כוחן של מועצות גדולי וחכמי התורה החרדיות.

צפו בפרק המלא על מועצת חכמי התורה של ש"ס: 

צבי חקק, מזכירו האישי של הרב עובדיה, מספר כי נכח בפגישות שקיימו בכירי מערכת הביטחון עם הרב, זאת למרות ש"לפי הרוקורד זה לא אמור להיות". לדבריו: "כשישראל רצתה לצאת לתקיפה בכור הגרעיני באיראן, באו וישבו אצל הרב, שמו בפניו את כל ההתלבטויות שיש להם, באו לשמוע את דעתו, זאת הייתה פגישה מאוד מאוד ארוכה, ואני חושב שדעתו – מה שהוא קבע – זה מה שנהיה. הם לא תקפו".

יו"ר ש"ס אריה דרעי הסביר את גישתו של הרב יוסף נגד תקיפה באיראן: "ככלל, דעתו של הרב עובדיה הייתה שלקחת אחריות ולהכניס את עצמך למצב של תקיפה עם סיכון גדול מאוד כשאתה לא יודע את התוצאות – עם כל הכבוד, שלא נשכח שאנחנו מדינה קטנה, עם מגבלות גדולות – הם ראו בזה דבר חמור מאוד, הם לא התפעלו מכוחי ועוצם ידי. הם ידעו את מגבלות כוח האדם".

יעקב עמידרור, ראש המל"ל לשעבר, אמר כי "צריך לזכור שהרב קבע עבור ש"ס מה להצביע, וש"ס הייתה חברה בקבינט, לכולם היה חשוב לגבש בקבינט את הצעדים שלהם ואין ספק שזה היה חלק מהמניעים, פה מדובר לא רק במנהיג שיש לו השפעה פוליטית, אלא גם באיש חכם מאוד" אמר על הרב עובדיה יוסף.