חבר הכנסת לשעבר, ומי שממוקם במקום ה – 12 במפלגת 'יש עתיד', אלעזר שטרן, תוקף בחריפות את דבריו של הרבצ"ר לשעבר, הרב ישראל וייס, לפיהם על הרב רפי פרץ להתפטר מתפקידו באם ייפגע מעמדה של הרבנות הצבאית.

בריאיון לרדיו 'גלי ישראל' אמר שטרן כי "הקריאות העצובות האלה של הרב וייס לרב רפי להתפטר, עזוב אותך, נו מה. מישהו פעם התפטר על משהו? הוא התפטר על משהו?" פתח שטרן את דבריו והוסיף, "די, מספיק, תעזוב. עשו התנתקות בזמנו, הוא התפטר? מה הוא מציע לרב רפי להתפטר?"

שטרן המשיך במתקפה על הרב וייס ואמר: "שקודם הרב הראשי (הרב וייס; ג"ע) יפטור את הבעיה של ההפרדה בבתי קברות צבאיים בין חיילים שרשומים כיהודים לבין כאלה שלא ושאחר כך יתעסק במה שצריך להתעסק קצין חינוך ראשי. כשמתעסקים בדברים אחרים, לא מתעסקים בדברים שברמת גורמים לפילוג ובמידה מסוימת להתרחקות מיהדות".

[[[http://www.srugim.co.il/wp-content/uploads/2015/06/אינסרט-שטרן.mp3]]]

מוקדם יותר, בריאיון לרדיו 'גלי ישראל' אמר הרב וייס: "אני אומר באופן ברור, הרב הראשי פרץ הוא ידיד אמיתי שלי, הוא ידיד קרוב שלי, אני מעריך מאוד את כל עשייתו. הוא צריך עכשיו להיכנס לרמטכ"ל, גם אם הוא יושב באמצע ישיבה הכי חשובה, לבקש ממנו הסברים על הכותרת הזו בעיתון הארץ. אם ההסברים לא ינתנו או לא יתקבלו על ידו, הוא חייב להניח את המפתחות על השולחן."

אבל הוא לא צריך לעשות את זה לבד, הוא צריך לעשות את זה ביחד עם סגן שר הביטחון שהיה סגן שר הדתות לפני כן" כזכור, אתמול תקף הרב וייס את בנט והרב בן דהן על שתיקתם בנושא כריך החזיר בצה"ל ועל ביטול עונשו של החייל שעבר על פקודות המטכ"ל והכניס סנדוויץ' חזיר לבסיס. בתחילה נדון החייל ל-11 ימי מחבוש, אולם בעקבות התערבות כרמלה מנשה, הומתק עונשו לריתוק בלבד, ולאחר מכן בוטל על ידי צה"ל, כשדובר צה"ל מפרסם הודעה לפיה: "לא נחטט בכריך של חייל"