הישיבה התיכונית והאולפנה באלקנה מצטרפים למשפחת ישיבות בני עקיבא לאחר שהנהלת המוסדות וראש המועצה צדוק זהוראי פנו למרכז יב"ע בבקשה להצטרף להצלחה.
 
בשנים האחרונות, הופך מרכז ישיבות בני עקיבא, לגוף המאגד סביבו את רוב מוסדות החינוך העל יסודיים של החינוך הדתי לאומי. בתחילת שנת הלימודים תשע"א הצטרפו עוד שלושה מוסדות שהיו עד היום בניהול פרטי, למרכז ישיבות בני עקיבא, ישיבת הדרום, ישיבת ראשון לציון וישיבת כינור דוד, כעת מצטרפים כעת שני המוסדות מאלקנה.

הישיבה התיכונית באלקנה הוקמה לפני כשלוש שנים והיא משמשת כמוסד מוביל לכ-200  תלמידים מהסביבה. מטרת הישיבה לקיים מסגרת לימודית וחינוכית, המאפשרת הקניית ערכי תורה וחיים, לא מתוך ניתוק והסתגרות סקטוריאלית, אלא מתוך מעורבות במכלול תחומי החיים של החברה הישראלית: חינוך, מדע, ביטחון, התיישבות וכו'.

אולפנת השומרון באלקנה, היא מוסד המשלב מסלול אקסטרני ומסלול פנימייתי. באולפנה כ-380 תלמידות שרובן במסלול האקסטרני ומיעוטן פנימייתיות. למוסד חשוב מאוד לטפח את הנושא החברתי מעבר לתשומת הלב המוקדשת ללימודים לתעודת בגרות ולכן הוא משלב פעילות חברתית רבה ופעילות התנדבותית של הבנות.

מרכז ישיבות בני עקיבא מסייע ותומך במוסדות החינוך של הרשת, הן בתחום החינוכי-חברתי והן בתחום הכלכלי-ניהולי, בשנים האחרונות הצליח הניהול הנכון של מרכז הישיבות, בראשות אלחנן גלאט, לשקם מוסדות רבים שהיו בקריסה כלכלית. בחלק מהמוסדות עובר הניהול מידי המנהלים הקודמים לניהול בלעדי של מרכז ישיבות בני עקיבא, המתווה את הדרך הניהולית של המוסדות.